Pontarlier is een Franse gemeente in het departement Doubs, regio Bourgogne-Franche-Comté, in het oosten van Frankrijk nabij de grens met Zwitserland. Het is een onderprefectuur in het departement en tevens de hoofdstad van het arrondissement Pontarlier.

Pontarlier is de derde gemeente van het departement naar inwonersaantal, na Besançon en Montbéliard.