Bij een staatsgreep in oktober 1965 nam het leger de macht over na een valse bewering dat de moord op verschillende hoge generaals was georganiseerd door de Communistische Partij van Indonesië. Dit was het begin van Soeharto's Nieuwe Orde. Deze regering was gewelddadig anticommunistisch. Pramoedya stond aan het hoofd van de People's Cultural Organisation, een literaire groepering die banden had met de Indonesische Communistische Partij. Het regime van de Nieuwe Orde noemde hem daarom een communist en staatsvijand. Tijdens de gewelddadige anticommunistische zuivering in 1965-66 werd Pramoedya gearresteerd, geslagen en gevangen gezet door de regering van Soeharto. Hij werd benoemd tot politiek gevangene. Zijn boeken werden verboden en hij werd zonder proces gevangen gezet, eerst in Nusa Kambangan voor de zuidkust van Java en daarna in de strafkolonie Buru op de oostelijke eilanden van de Indonesische archipel. .
Tijdens zijn gevangenschap op het eiland Buru mocht hij niet schrijven, maar creëerde hij zijn bekendste serie werk, het Buru Kwartet. Het is een serie van vier historische fictieromans die vertellen over de ontwikkeling van het Indonesische nationalisme. De boeken zijn deels gebaseerd op zijn eigen ervaringen tijdens zijn jeugd. De Engelse titels van de boeken zijn: This Earth of Mankind, Child of All Nations, Footsteps en House of Glass. De hoofdpersoon van de serie heet Minke. Hij is een minderjarige Javaanse vorst. Het personage lijkt op een Indonesische journalist genaamd Tirto Adhi Surjo. Hij was actief in de nationalistische beweging.
Het kwartet bevat sterke vrouwelijke personages van Indonesische en Chinese etniciteit. De boeken laten zien hoe moeilijk het voor deze mensen was om onder koloniaal bewind te leven. Ze kregen te maken met racistische discriminatie en aanvallen. Ze vochten voor persoonlijke en nationale politieke onafhankelijkheid. Deze boeken zijn typerend voor veel van Pramoedya's schrijfwerk. Ze vertellen persoonlijke verhalen en richten zich op individuen die gevangen zitten in de bewegingen van de geschiedenis van een natie.
Pramoedya had onderzoek gedaan naar de boeken voordat hij naar het Buru gevangenkamp werd gestuurd. Toen hij werd gearresteerd werd zijn bibliotheek verbrand en veel van zijn collectie en vroege geschriften gingen verloren. Op het gevangenenkolonie-eiland Buru mocht hij niet eens een potlood hebben. Pramoedya dacht dat hij de romans ooit op papier zou kunnen schrijven. Hij vertelde de verhalen van de romans aan zijn medegevangenen. Andere gevangenen luisterden naar de verhalen en hielpen hem vervolgens. Zij deden extra werk zodat Pramoedya minder hoefde te werken. Zo kon hij uiteindelijk de romans opschrijven. De uiteindelijke boeken ontleenden hun naam, "Buru Quartet", aan de gevangenis waar hij ze maakte. Ze zijn verzameld en gepubliceerd in het Engels. Maxwell Lane heeft ze vertaald. Ze zijn ook in vele andere talen verschenen. In 2005 waren ze in 33 talen gepubliceerd (BIWP). Veel mensen buiten Indonesië vonden het uitstekende boeken. Ze wonnen vele prijzen. Maar de Indonesische regering verbood de publicatie ervan in Indonesië. Een van de beroemdste literaire werken van Indonesië was dus bijna niet te vinden voor de mensen in het land wier geschiedenis het behandelde. Indonesiërs in het buitenland scanden kopieën en deelden ze op het internet met mensen in het land.
Pramoedya's werken over koloniaal Indonesië erkenden het belang van de islam als middel voor volksverzet tegen de Nederlanders. Zijn werken gaan niet over religie en hebben geen duidelijke religieuze thema's. Hij verzette zich tegen mensen die religie gebruikten om het denken van mensen te beheersen. Soms schreef hij negatief over de religieuze vromen.