18e eeuw
Het jaar 1795 markeerde het begin van de Bataafse Republiek. Een van de leden van de nieuwe regering was Isaac Gogel. Hij stelde een nieuw nationaal museum voor, zoals het Franse Louvre. Op 19 november 1798 stemde de regering in met het museum.
Op 31 mei 1800 werd het nieuwe museum geopend. Het stond aanvankelijk bekend als de Nationale Kunst-Galerij. Het telde ongeveer 200 schilderijen en andere voorwerpen. Deze waren afkomstig uit de collecties van de Nederlandse stadhouders.
19e eeuw
In 1806 werd het Koninkrijk Holland opgericht door Napoleon Bonaparte. Het verving de Bataafse Republiek. In 1808 verhuisde het museum op bevel van Lodewijk Bonaparte naar Amsterdam. Na de verhuizing werden meer schilderijen toegevoegd. Deze omvatten De Nachtwacht van Rembrandt.
In 1863 was er een ontwerpwedstrijd voor een nieuw gebouw voor het museum. Geen van de inzendingen werd geselecteerd.
In 1876 werd een nieuwe wedstrijd uitgeschreven en deze keer won Pierre Cuypers. Zijn ontwerp was een mengeling van gotiek en renaissance. De werkzaamheden aan het nieuwe gebouw begonnen op 1 oktober 1876. Het werd geopend op 13 juli 1885.[dode link]
In 1890 werd op korte afstand ten zuidwesten van het Rijksmuseum nog een gebouw toegevoegd. Dit werd opgetrokken uit stukken van gesloopte gebouwen. Het is sindsdien bekend geworden als het 'fragmentengebouw'. Het staat ook bekend als de 'zuidvleugel' en wordt momenteel (in 2013) aangeduid als de Philipsvleugel.
20e eeuw
In 1906 werd de zaal voor de Nachtwacht verbouwd. Tussen de jaren 1920 en 1950 werden nog meer veranderingen aangebracht. In de jaren 1960 werden extra kamers en verdiepingen gebouwd. Andere veranderingen en reparaties vonden plaats in 1984, 1995-1996 en 2000.
De zuidelijke vleugel van het museum werd in 1996 hersteld.
21e eeuw
In december 2003 werd het hoofdgebouw gesloten voor herstelwerkzaamheden. Tijdens deze reparaties konden nog ongeveer 400 voorwerpen in de zuidelijke vleugel worden bekeken. Het ging onder meer om Rembrandts De Nachtwacht en andere 17de-eeuwse schilderijen.
De herstellingen werden op 16 juli 2012 voltooid. Op 13 april 2013 werd het hoofdgebouw opnieuw geopend.