Sommige biologische processen komen voor - of kunnen worden gesimuleerd - door cellulaire automaten.
De patronen van bepaalde zeeschelpen worden gegenereerd door natuurlijke cellulaire automaten. Voorbeelden hiervan zijn te zien bij de geslachten Conus en Cymbiola. De pigmentcellen liggen in een smalle band langs de lip van de schelp. Elke cel scheidt pigmenten af volgens de activerende en remmende activiteit van zijn naburige pigmentcellen, volgens een natuurlijke versie van een wiskundige regel. De celband laat het gekleurde patroon op de schelp achter terwijl hij langzaam groeit. Zo draagt de wijdverspreide soort Conus textiel een patroon dat lijkt op regel 30 van Wolfram's cellulaire automaat.
Planten regelen hun opname en verlies van gassen via een cellulair automatisme. Elke stoma op het blad fungeert als een cel.
Bewegende golfpatronen op de huid van koppotigen kunnen worden gesimuleerd met een tweestaten, tweedimensionale cellulaire automaat, waarbij elke toestand overeenkomt met een uitgezette of ingetrokken chromatofoor.
Er zijn drempelautomaten uitgevonden om neuronen te simuleren, en complexe gedragingen zoals herkennen en leren kunnen worden gesimuleerd.
Fibroblasten lijken op cellulaire automaten, aangezien elke fibroblast alleen met zijn buren interageert.
