Anaërobe ademhaling is een vorm van ademhaling die geen zuurstof gebruikt. Andere elementen dan zuurstof worden gebruikt voor het transport van elektronen. Veel voorkomende vervangers voor zuurstof zijn nitraten, ijzer, mangaan, sulfaten, zwavel, fumaarzuur en kooldioxide. Escherichia coli gebruikt nitraten en fumaarzuur voor de ademhaling.

Om de elektronentransportketen te laten werken, moet er aan het einde van de keten een definitieve elektronenacceptor zijn. Hierdoor kunnen de elektronen door de keten gaan. In aërobe organismen is deze laatste elektronenacceptor zuurstof. Moleculaire zuurstof is een sterk oxiderend middel en dus een uitstekende acceptor. In anaërobe organismen worden andere minder oxiderende stoffen zoals sulfaat (SO42-), nitraat (NO3-), zwavel (S) gebruikt. Deze eind-elektronenacceptoren hebben een kleiner reductiepotentieel dan O2, zodat er minder energie vrijkomt per geoxideerd molecuul. Anaërobe ademhaling is daarom minder efficiënt dan aërobe ademhaling, behalve natuurlijk als er weinig zuurstof is.

Als er helemaal geen zuurstof wordt gebruikt, wordt het proces fermentatie genoemd. Voorbeelden van organismen die gebruik maken van fermentatie zijn melkzuurbacteriën en gist. Gist is een schimmel, geen bacterie.

De vergelijking voor anaërobe ademhaling is: