Gen knock-out is een genetische techniek waarbij een van de genen van een organisme wordt uitgeschakeld of vervangen door een gen dat niet werkt.

De organismen, zoals knock-out muizen, worden gebruikt om meer te weten te komen over een gen waarvan de sequentie is bepaald, maar waarvan de functie onbekend of onvolledig bekend is. Onderzoekers trekken conclusies uit het verschil tussen het knock-out organisme en normale individuen. Knock-out wordt vaak afgekort als KO.

Gen knock-in is de tegenovergestelde term. Daar wordt een gen aangezet, of een werkend gen ingebracht.