Plantkunde
Stopes publiceerde ongeveer 100 artikelen en boeken over plantkunde, voornamelijk over fossiele planten. Zij was expert op het gebied van fossiele varens, cycaden en gymnospermen.
Van 1904 tot 1907 doceerde zij paleobotanie aan de universiteit van Manchester; zij was de eerste vrouwelijke academicus van die universiteit. p12 In 1910, op 30-jarige leeftijd, werd zij Fellow van het University College London. Zij had de top van de boom bereikt. Niet alleen was zij paleobotanicus, maar zij was ook een expert op het gebied van de plantkunde van de steenkoollagen die in het Pennsylvanien (Boven-Carboon) zijn ontstaan. Steenkool was in die tijd de meest vitale energiebron.
Stopes bleef tot 1935 over plantkunde publiceren, maar rond 1912 begonnen haar interesses te veranderen als gevolg van problemen in haar privé-leven.
Geboortebeperking en gezondheid van de vrouw
Na een rampzalig huwelijk werd Stopes zich ervan bewust hoe onwetend veel mensen waren over seks, en welke problemen vrouwen binnen het huwelijk hadden. Haar doelstellingen waren: meer geluk door een betere kennis, en de bescherming van de gezondheid van de vrouw door het onder controle houden van de zwangerschappen die van nature in het huwelijk optreden.
Stopes' eerste boek over gezinsplanning, Married Love: a new contribution to the solution of the sex difficulties, 1918, beleefde 28 edities en meer dan 150 herdrukken. Het werd vertaald in 14 talen, en braille. De Engelstalige versie verkocht meer dan een miljoen exemplaren, en maakte haar rijk.
De sociale gevolgen van het boek waren enorm. Niemand kan zeggen waarom sociale veranderingen plaatsvinden, maar de houding ten opzichte van seks en het huwelijk veranderde zeker tijdens haar leven. Tussen de eerste en de laatste uitgave van haar boek veranderden de vrouwen in Europa en Noord-Amerika van bijna geen geboortebeperking tot de meesten die geboortebeperking gebruikten. Dit ondanks de tegenstand van de Katholieke Kerk en andere krachten.
Ook is de kennis over seks en de medische aandacht voor de behoeften van vrouwen in verband met de geboorte voortdurend verbeterd. De beschikbaarheid van kennis over alle onderwerpen met betrekking tot het persoonlijke leven is voortdurend verbeterd.
Later in 1918 publiceerde Stopes een tweede boek, Wise Parenthood: a sequel. Dit beleefde 25 edities en vele herdrukken. In 1919 kwam Een brief aan werkende moeders over hoe gezonde kinderen te krijgen en verzwakkende zwangerschappen te vermijden. De stroom van boeken en pamfletten ging door tot het einde van haar leven.
De Marie Stopes-kliniek
Stopes opende op 17 maart 1921 de eerste Britse kliniek voor gezinsplanning op 61, Marlborough Road, Holloway, Noord-Londen. In 1925 verhuisde de Mothers' Clinic naar Centraal Londen, waar zij tot op heden gevestigd is.
De overkoepelende organisatie van Marie Stopes-klinieken over de hele wereld heet nu Marie Stopes International. Het is vooral sterk in Bangladesh en Pakistan.