In de presidentsverkiezingen van 1992 versloeg hij de Republikein George H.W. Bush. In het begin van Clintons eerste ambtstermijn voerde hij een belastingwet in die de belastingen voor de rijken zou verhogen.
In 1994, tijdens Clinton's eerste ambtstermijn, ging het Congres over naar een Republikeinse meerderheid. Toch versloeg Clinton de Republikein Bob Dole in de verkiezingen van 1996.
De Republikeinen versloegen Clinton's voorstel om de Amerikaanse regering universele gezondheidszorg te laten invoeren. De Republikeinen stelden veel nieuwe ideeën aan het Congres voor om de omvang van de overheid te beperken, zoals de eis dat de begroting in evenwicht moet zijn en dat mensen geen misbruik mogen maken van het socialezekerheidsstelsel.
Clinton werd door Paula Jones aangeklaagd wegens seksuele intimidatie, maar de rechtszaak werd officieel geseponeerd nadat Jones er niet in slaagde schade te bewijzen. Daarmee was hij de eerste zittende president van de Verenigde Staten die werd aangeklaagd.
President Clinton werd in december 1998 tijdens het Monica Lewinsky-schandaal door het Huis van Afgevaardigden van de Verenigde Staten beschuldigd van wandaden en werd in staat van beschuldiging gesteld. Hoewel hij loog dat zij geen seksuele activiteit hadden bedreven, werd hij in februari 1999 door de Amerikaanse Senaat voor onschuldig verklaard.
Het land stond tijdens zijn ambtstermijn voor weinig uitdagingen. De Koude Oorlog was voorbij en er was weinig noodzaak voor het Amerikaanse leger om zich in de wereldpolitiek te mengen, dus werden de defensie-uitgaven aanzienlijk verlaagd. De economie deed het zeer goed tijdens zijn ambtstermijn, hoewel er een debat gaande is over de vraag of de economie het goed deed door het beleid van Clinton of door het beleid van de Republikeinen.
Het decennium werd afgesloten met de eerste keer dat de Verenigde Staten geen geld hoefden te lenen om hun begroting te betalen. Clinton verliet zijn ambt met hoge goedkeuringscijfers en werd opgevolgd door George W. Bush.
