Jones werd geboren in de Londense wijk Smithfield. Zijn vader, ook Inigo Jones genaamd, was een lakenarbeider uit Wales. Als zeer jonge man was hij leerling-timmerman in St Paul's Cathedral. Paul's Cathedral. Enige tijd voor 1603 stuurde een rijke beschermheer (mogelijk de graaf van Pembroke of de graaf van Rutland) hem naar Italië om tekenlessen te nemen. Na Italië reisde hij naar Denemarken waar hij voor koning Christian V werkte aan de ontwerpen voor de paleizen Rosenborg en Frederiksborg van de koning. Na zijn terugkeer in Engeland begon hij te werken als theaterontwerper en architect. In september 1615 benoemde koning Karel I Jones tot landmeter-generaal van de Koningswerken. Van 1629 tot 1635 werkte hij aan gebouwen in Covent Garden.
Jones' carrière als voltijds architect eindigde met het uitbreken van de Engelse burgeroorlog in 1642. Het parlement van Engeland nam in 1643 alle huizen van de koning in beslag. In zijn latere jaren woonde Jones in Somerset House in het centrum van Londen. Hij overleed daar op 21 juni 1652. Hij werd begraven bij zijn ouders in de kerk van St Benet. St Benet's was de Welshe kerk van de City of London.