De eerste mensen die in het gebied woonden, waren de Wiradjuri. De eerste Europese ontdekkingsreiziger, George Wilson Evans, kwam in 1815 naar de Lachlan Vallei. Hij noemde het gebied de Oxley Plains naar zijn baas, de landmeter-generaal, John Oxley. In 1817 zei hij dat het gebied "ongeschikt was voor bewoning door blanken". Kort daarna werd een legerkamp opgezet in Soldiers Flat bij het huidige Billimari. Arthur Ranken en James Sloan, uit Bathurst, behoorden tot de eerste Europese kolonisten aan de Lachlan. Zij vestigden zich in 1831 in het gebied.
De gemeente Coura Rocks ontstond in 1840. In 1847 werd de gemeente Cowra genoemd. Het dorp werd officieel opgenomen in 1849.
In de jaren 1850 kwamen er veel goudzoekers door op weg naar de goudvelden bij Lambing Flat (Young) en Grenfell. De eerste school werd in 1857 opgericht. De eerste brug over de Lachlan River werd in 1870 gebouwd. In de jaren 1880 werd goud gevonden bij Mount McDonald. De spoorweg, vanuit Sydney, bereikte Cowra in 1886. Het lokale bestuur begon in 1888. De eerste telefoon werd in 1901 aangesloten. De watervoorziening van de stad begon in 1909, het gas in 1912, en de elektriciteit werd in 1924 aangesloten.
Cowra is de thuisbasis van de Australische kopie van de wereldvredesklok van de Verenigde Naties. Deze worden normaal bewaard in de hoofdstad van een land. De klok is aan Cowra gegeven vanwege de bijzondere rol die Cowra speelt in het internationale begrip, de wereldvrede en als centrum van wereldvriendschap.