Een flagellum (meervoud: flagella) is een lange, zweepachtige structuur die sommige eencellige organismen helpt te bewegen. Het bestaat uit microtubuli. Ze helpen cellen en organismen in een zweepachtige beweging voortbewegen. Het flagellum van eukaryoten beweegt meestal met een "S"-beweging en is omgeven door celmembraan.
Flagella zijn structureel bijna identiek aan de veel kleinere Cilia. Zozeer zelfs dat het is voorgesteld om protisten die een van beide dragen, te verenigen in de Phylum Undulipodia. Eerder had Margulis voorgesteld om alleen de Ciliaten in een Phylum Ciliophora te plaatsen. Toegegeven, de Protista is een verzameling van ongelijksoortige eencellige vormen, maar terwijl een meer verfijnde taxonomie in beweging is (verandert), is Protista nog steeds een bruikbare term.
Cilia en flagella zijn celorganellen, gespecialiseerde eenheden die goed gedefinieerde functies uitvoeren, zoals mitochondriën en plastiden. Het is nu vrij duidelijk dat alle of de meeste van deze organellen hun oorsprong vinden in ooit onafhankelijke prokaryoten (bacteriën of archaea), en dat de eukaryote cel een 'gemeenschap van micro-organismen' is die samenwerkt in 'een schijnhuwelijk'.

