Eukaryote cellen zijn meestal veel groter dan prokaryoten. Ze kunnen tot 10 keer groter zijn. Eukaryote cellen hebben veel verschillende interne membranen en structuren, organellen genaamd. Ze hebben ook een cytoskelet. Het cytoskelet bestaat uit microtubuli en microfilamenten. Die delen zijn erg belangrijk in de vorm van de cel. Eukaryotisch DNA wordt in bundels gestopt die chromosomen worden genoemd en die tijdens de celdeling worden gescheiden door een microtubulaire spindel. De meeste eukaryoten hebben een soort van seksuele voortplanting door middel van bevruchting, die prokaryoten niet gebruiken.
Prokaryoten hebben geen geslachten, maar ze kunnen wel DNA doorgeven aan andere bacteriën. Hun celdeling is aseksueel. Bacteriële conjugatie is wanneer bacteriën een genetisch element (vaak een plasmide of transposon) van de ene naar de andere bacterie verplaatsen.
Eukaryoten hebben sets van lineaire chromosomen in de kern en het aantal chromosomen is meestal typisch voor elke soort.
Intern membraan
In eukaryote cellen zijn er veel dingen met membranen om hen heen. Ze worden allemaal samen het endomembraansysteem genoemd. Eenvoudige zakjes, blaasjes of vacuolen genoemd, worden soms gemaakt door andere membranen af te blazen, net zoals kinderen bellen maken met hun speelgoed. Veel cellen nemen voedsel en andere dingen op met behulp van iets wat endocytose wordt genoemd. Bij endocytose buigt het membraan dat het dichtst bij de buitenkant ligt naar binnen en knijpt dan af om een blaasje te maken. Veel andere organellen die membranen hebben, zijn waarschijnlijk begonnen als blaasjes.
De kern is omgeven door twee membranen die gaten hebben in het membraan, zodat de dingen in en uit kunnen gaan. In het omhulsel van de atoomkern steken dingen uit die op buizen en platen lijken. Deze worden het endoplasmatisch reticulum genoemd, dat vaak wordt ingekort tot ER. De ER werkt met bewegende eiwitten en laat ze rijpen.
De ER heeft twee delen, de ruwe ER en de gladde ER. De ruwe ER heeft ribosomen die eraan vastzitten. De eiwitten die de ribosomen die aan de ruwe ER vastzitten, gaan naar de binnenkant van de ruwe ER, de zogenaamde lumen. Daarna gaan ze meestal in blaasjes, die uit de gladde ER groeien en afknijpen. In de meeste eukaryoten versmelten de blaasjes met proteïnen binnenin met stapels afgeplatte blaasjes, die de Golgi-lichamen worden genoemd, waar de proteïnen binnenin weer worden veranderd.
De blaasjes worden soms veranderd, zodat ze één ding heel goed kunnen doen. Dit wordt specialisatie of differentiatie genoemd. Bijvoorbeeld, lysosomen hebben enzymen in zich die het voedsel afbreken dat afkomstig is van voedselzuigers, en peroxisomen hebben enzymen die peroxide, een gif, afbreken, dus het is niet meer giftig.
Veel protozoën hebben samentrekkende vacuolen, dit zijn vacuolen die kunnen samensmelten of afknellen van het buitenmembraan. Contractiele blaasjes worden vaak gebruikt om onnodig water te krijgen en te verwijderen. Extrusomen schieten spullen uit die roofdieren weg laten gaan of voedsel laten vangen. In meercellige organismen worden vaak hormonen in blaasjes gemaakt. In de gecompliceerde planten wordt het grootste deel van de binnenkant van een plantencel opgenomen door een centrale stofzuiger. Die centrale vacuole is het belangrijkste dat de osmotische druk houdt zodat de cel zijn vorm kan behouden.
