De Khoisan is de naam voor twee volkeren van zuidelijk Afrika: de San en de Khoikhoi. De San zijn foeragerende bosjesmannen, en de Khoi zijn een herdersvolk dat vroeger bekend stond als de Hottentotten. De relatie tussen de twee groepen is niet erg duidelijk. De San zijn over het algemeen kleiner dan andere mensen in het gebied. Ze zien er ook heel anders uit dan andere groepen mensen in het gebied. Vanaf 2018 zijn er tussen de 90.000 en 100.000 San over. De meeste van hen leven in Botswana en Namibië. Er zijn San-minderheden in Zuid-Afrika, Angola, Zambia en Zimbabwe.
De San waren enkele van de oorspronkelijke (inheemse) bewoners van Zuidelijk Afrika. Toen bereikten de zuidwaartse Bantoe-migraties uit Noord- en Oost-Afrika de regio 700 jaar geleden. De Bantoe-bevolking verplaatste de Khoi en de San om de overheersende bewoners van Zuidelijk Afrika te worden.
De Khoisan "was op een bepaald moment de grootste populatie op aarde", volgens een evolutionaire geneticus. Het bewijs van de oorspronkelijke aanwezigheid van de Khoisan in Zuid-Afrika is de verspreiding van hun talen vandaag de dag. Khoisan taalgroepen hebben vaak extreme verschillen in structuur en woordenschat ondanks de nabijheid, wat een lange periode van vestiging en co-evolutie van talen in dezelfde regio aantoont.
Charles Darwin schreef over de Khoisan en de seksuele selectie in The Descent of Man in 1882, en merkte op dat hun steatopygie evolueerde door seksuele selectie in de menselijke evolutie, en dat "het achterste deel van het lichaam op een prachtige manier projecteert".
In de jaren '90 vonden genomische studies van de wereldbevolking dat het Y-chromosoom van de San-mensen patronen van polymorfismen delen die verschillen van die van alle andere populaties. Omdat het Y-chromosoom weinig verandert, wordt dit type DNA-test gebruikt om te bepalen wanneer verschillende menselijke subgroepen van elkaar gescheiden zijn. Dit toont hun laatste gemeenschappelijke voorouders. De auteurs van deze studies suggereren dat de San misschien een van de eerste populaties was die zich onderscheidde van de meest recente gemeenschappelijke voorouder van alle levende mensen, die naar schatting 60.000 tot 90.000 jaar geleden leefde.
