Twee eigenschappen van MHC-moleculen maken het voor ziekteverwekkers moeilijk om de immuunrespons te ontwijken.
1. MHC is polygeen. Er zijn verschillende genen, zodat elk mens of dier een reeks MHC-moleculen heeft die enigszins verschillende reeksen peptiden binden.
2. De MHC-genen zijn sterk polymorf. Dit betekent dat er van elk gen meerdere varianten allelen in de populatie voorkomen. Het polymorfisme is zo hoog dat er in een gemengde populatie geen twee individuen zijn met precies dezelfde set MHC-genen en -moleculen, met uitzondering van eeneiige tweelingen.
Binnen een populatie betekent de aanwezigheid van veel verschillende allelen dat er bijna altijd een individu zal zijn met een specifieke MHC-molecule die in staat is de juiste peptide te laden om een specifieke microbe te herkennen. De evolutie van het MHC-polymorfisme betekent dat een populatie niet zal bezwijken aan een nieuwe ziekteverwekker of een gemuteerde ziekteverwekker, omdat ten minste enkele individuen in staat zullen zijn een adequate immuunrespons te ontwikkelen om de ziekteverwekker te verslaan. De variaties in de MHC-moleculen zijn het resultaat van de overerving van verschillende MHC-moleculen.
Transplantaties
Transplantaties worden beperkt tot die welke de minste reactie van het MHC-systeem krijgen bij tests van weefselmatches.
Auto-immuunziekten
Een auto-immuunziekte ontstaat wanneer de immuuncellen de MHC-moleculen van andere cellen niet herkennen en het eigen lichaam beginnen aan te vallen.
