In Salzburg woonden mensen vanaf de Nieuwe Steentijd tot heden. De oudste vondst in het stadsgebied is gedateerd rond 4500 v. Chr. Vanaf 15 v. Chr. na de Romeinse bezetting heette de stad Iuvavum. De Romeinse stad lag in de huidige oude stad rond de Waagplatz. De stad werd een belangrijke plaats vanuit het oosten naar de provincie Germania. De Romeinen vertrokken bij het begin van de barbaarse volksverhuizing rond 500. Tot 696 is er weinig over de geschiedenis te vertellen. In 696 werd de stad door hertog Theodo II. van Beieren aan bisschop Rupert geschonken. Rupert kreeg van de hertog de opdracht het christendom naar het oosten en zuidoosten van zijn land te brengen. Rupert stichtte het klooster St. Peter en voor vrouwen het klooster Nonnberg. 739 Salzburg werd de zetel van een bisschop en 774 werd de eerste kathedraal gebouwd. 998 Salzburg werd aartsbisdom en bestuurde het hele Beierse gebied.
In de Middeleeuwen werd Salzburg rijk door de handel met zout uit het nabijgelegen Dürnberg in Hallein. Tot de 14e eeuw werd Salzburg onafhankelijk van Beieren en was het een staat binnen het Heilige Roomse Rijk. De burgers van Salzburg stonden onder het gezag van de aartsbisschop in tegenstelling tot andere steden in het rijk. In de barok kreeg het uiterlijk van de huidige stad vorm. De kathedraal werd in barokstijl herbouwd. De meeste architecten kwamen uit Italië. In 1622 werd een universiteit gesticht. Omdat het een katholieke staat was hadden de protestanten het moeilijk in Salzburg. Toch moesten in 1731 protestanten, die niet tot het katholieke geloof terugkeerden, Salzburg binnen acht dagen verlaten.
In het begin van de 19e eeuw bevorderde Napoleon Bonaparte het hertogdom Salzburg, dat later deel uitmaakte van het koninkrijk Beieren. Daarna werd Salzburg geannexeerd door Oostenrijk, teruggegeven aan Beieren en verdeeld tussen Beieren en Oostenrijk. In 1918 werd Salzburg een deelstaat van de nieuwe Republiek Oostenrijk. In 1938 annexeerde Duitsland Oostenrijk en werd Salzburg een deel van Duitsland. In 1945, toen Oostenrijk onafhankelijk werd van Duitsland, werd Salzburg weer een deelstaat.
