Bautzen ([ˈbautsn̩] , Opper-Sorbisch: Budyšin, Neder-Sorbisch: Budyšyn [ˈbudɨʃɨn]; Pools: Budziszyn) is een stad in Oost-Saksen, Duitsland, en de hoofdstad van het district Bautzen. Het ligt aan de rivier de Spree.

In 2005 woonden 42.189 mensen in Bautzen. Asteroïde 11580 Bautzen is genoemd naar de stad.

Bautzen is de historische hoofdstad van de Opper-Lausitz en het is het belangrijkste culturele centrum van de Sorben, een Slavische minderheid.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog en de nazi-tijd was er een subkamp van het concentratiekamp Groß-Rosen in Bautzen. Ernst Thälmann werd daar opgesloten voordat hij naar Buchenwald werd gedeporteerd.

Na de oorlog was Bautzen in de Duitse Democratische Republiek bekend om zijn gevangenis. Bautzen I werd gebruikt als een officiële gevangenis, Bautzen II was een geheime gevangenis voor gewetensgevangenen (mensen die werden gearresteerd voor hun politieke overtuiging, niet vanwege een gewone misdaad). Bautzen I wordt nog steeds gebruikt als gevangenis en Bautzen II is sinds 1993 een gedenkteken.

In 2002 herdacht de stad haar duizendste verjaardag.