In 1961 had Honecker de leiding over de bouw van de Berlijnse Muur. In 1971 begon hij een politieke machtsstrijd. De Sovjets steunden hem, dus werd Honecker de nieuwe leider, of algemeen secretaris, van de Socialistische Eenheidspartij, ter vervanging van Walter Ulbricht. In 1976 werd hij ook voorzitter van de Raad van State (Staatsratsvorsitzender).
Onder Honecker was er een grote verbetering van de levensstandaard, ook al had de DDR de hoogste levensstandaard van de Oostbloklanden. Er kwamen meer consumptiegoederen beschikbaar en de bouw van nieuwe huizen werd versneld.
Hoewel Honecker zorgzamer was voor het volk wat betreft goederen en huisvesting stond hij geen kritiek op de regering toe. De duidelijkste manier waarop dit werd getoond was de Berlijnse Muur. Ongeveer 125 Oost-Duitse burgers werden in deze periode gedood toen zij probeerden de grens naar West-Berlijn over te steken.
In de buitenlandse betrekkingen zou Honecker nooit een verenigd Duitsland toestaan. Hij was zeer loyaal aan de USSR, maar accepteerde détente (dat wil zeggen vriendschappelijker worden voor westerse landen). Onder zijn regering werd Oost-Duitsland zelfs vriendelijker voor West-Duitsland. In september 1987 was hij het eerste Oost-Duitse staatshoofd dat West-Duitsland bezocht.
Eind jaren tachtig voerde Sovjetleider Michail Gorbatsjov glasnost en perestrojka in, hervormingen om het communisme te liberaliseren. Honecker en de Oost-Duitse regering weigerden echter soortgelijke hervormingen door te voeren in de DDR. Toen de hervormingsbeweging zich over Midden- en Oost-Europa verspreidde, waren er demonstraties tegen de Oost-Duitse regering. De grootste waren de maandagdemonstraties van 1989 in de stad Leipzig. De andere leiders van de DDR besloten zich te ontdoen van Honecker en dwongen hem op 18 oktober 1989 af te treden. Egon Krenz nam het roer over.