De Latijnse naam is Lipsia en de Duitse naam "Leipzig" is van deze naam afgeleid. Leipzig heeft een lange geschiedenis. De naam Leipzig werd in 1015 voor het eerst vermeld als Slot Leipzig (Leipziger Burg), en de officiële stichting van de stad vond later plaats in 1165. Het was een economisch centrum van middeleeuws Duitsland, beroemd om zijn markt (Leipziger Messe).
In 1409 werd de Universiteit van Leipzig opgericht. Theologie was de belangrijkste faculteit. In 1519 voerde Maarten Luther in Leipzig een discussie tegen Johann Eck. In 1539 kwam de reformatie naar Leipzig en werden de inwoners van de stad luthers.
De stad is beroemd om zijn Thomaskerk, waar Johann Sebastian Bach van 1723 tot aan zijn dood in 1750 als muziekdirecteur (Kantor) werkte.
In 1813 werd in de buurt van Leipzig de Slag bij Leipzig uitgevochten tussen het Franse leger onder leiding van Napoleon Bonaparte en de geallieerde legers van Oostenrijk, Pruisen en Rusland.
In 1839 werd de spoorweg tussen Dresden en Leipzig geopend. Het was de eerste langeafstandsspoorlijn in Duitsland.
Als gevolg van de industrialisatie groeide het aantal inwoners van Leipzig in de 19e eeuw. Vóór de Tweede Wereldoorlog woonden er ongeveer 750.000 mensen in Leipzig.
Na de oorlog behoorde Leipzig tot het door de Sovjet-Unie bezette deel van Duitsland, en later tot Oost-Duitsland.
In 1989 vonden in Leipzig de maandagdemonstraties plaats. Elke maandag na een christelijke mis in de Nikolaikirche demonstreert de bevolking van Leipzig voor vrijheid van reizen en democratie. Deze demonstraties werden steeds groter en bereikten hun hoogtepunt op 23 oktober toen 320.000 mensen kwamen. De demonstraties zijn een van de dingen die hebben geleid tot het einde van de communistische dictatuur in Oost-Duitsland.
Vandaag de dag staat Leipzig nog steeds bekend als een stad van beurzen, media en universiteit, maar is minder belangrijk dan voor de Tweede Wereldoorlog.