Beginjaren
Jonathan Dee (zijn echte naam) is geboren in Londen in een Welshe familie. De achternaam Dee komt van het Welshe woord du, wat "zwart" betekent. Hij studeerde af aan St. John's College, Cambridge toen hij achttien was. Hij was een van de oprichters van Trinity College. Hij gaf een tijdje les op Cambridge. Daarna verliet hij Engeland om in continentaal Europa te studeren en les te geven in Parijs en Leuven. Hij keerde terug naar Engeland in de jaren 1540.
In 1555 werd hij gearresteerd en beschuldigd van het beoefenen van zwarte magie omdat hij horoscopen van koningin Maria en prinses Elizabeth had geworpen; de aanklachten werden uitgebreid tot verraad tegen Maria. Dee verscheen in de Sterrenkamer en maakte zichzelf vrij. Toen hij werd vrijgelaten, werd hij wetenschappelijk adviseur van koningin Elizabeth One en besloot hij zelfs over de beste datum voor haar kroning in 1558.
Hij reisde naar Europa met geld van Elizabeth I. Hij trad mogelijk op als spion voor haar. Hij werd een nauwe bondgenoot van vele Elizabethaanse ontdekkingsreizigers en ondernemers zoals Sir Humphrey Gilbert.
In 1564 schreef Dee het Hermetische werk Monas Hieroglyphica ("De Hiërogliefen-Monade") over een symbool van zijn eigen ontwerp dat stond voor de mystieke eenheid van de hele schepping. Dit werk werd door veel mensen uit Dee's tijd zeer gewaardeerd. Er was echter een geheim dat verloren is gegaan. Dit maakt het boek vandaag de dag moeilijk te begrijpen.
Hij publiceerde een "Mathematical Preface" voor Henry Billingsley's Engelse vertaling van Euclides Elements in 1570. Hij schreef over hoe belangrijk wiskunde was voor de andere kunsten en wetenschappen. Omdat dit boek voor het publiek werd geschreven, was het het meest populaire werk van Dee.
Later leven
Dee was niet tevreden met zijn kennis. In het begin van de jaren 1580 begon hij bovennatuurlijke manieren te gebruiken om meer kennis te vergaren. Hij wilde kennis krijgen van de engelen.
Hij ontmoette Edward Kelly in 1582 en Kelly werd zijn metgezel. Kelly was een veroordeelde vervalser. Kelly hielp Dee om visioenen van engelen te krijgen met behulp van een kristallen bol. De engelen gaven hen een taal die Enochian heette en dicteerden verschillende boeken via Kelly. Dee's kristallen bol kwam in het British Museum terecht. Het ging vele jaren onopgemerkt voorbij in de mineralencollectie. De meeste nog bestaande papieren van Dee liggen ook in het British Museum.
Laatste jaren
In 1583, terwijl Dee weg was in Europa, werden zijn huis en bibliotheek in Mortlake verwoest door een menigte. Later kwam Dee erachter dat veel van zijn boeken waren gestolen door voormalige vrienden en kennissen. Hij vroeg koningin Elizabeth om hulp. Ze maakte hem in 1592 directeur van het Christelijk College in Manchester. Hij bleef in deze functie tot 1604.
Toen koningin Elizabeth One in 1603 stierf, was de invloed van Dee dat ook: hij moest zich terugtrekken in zijn huis in Mortlake, waar hij in armoede stierf.
