In het begin voerde Mohammed Ali oorlog namens de Ottomaanse Sultan, Mahmud II, in Arabië en Griekenland. Later kwam hij in een openlijk conflict met het Ottomaanse Rijk.
Zijn eerste militaire campagne was een expeditie naar het Arabisch Schiereiland. De heilige steden Mekka en Medina waren gevangen genomen door het Huis van Saud, dat een vorm van Islam had die Wahhabisme werd genoemd. Gewapend met hun nieuwe religieuze ijver begonnen de Mohammedaanse ibn Saud delen van Arabië te veroveren.
Met het belangrijkste Ottomaanse leger in Europa, wendde Mahmud II zich tot Mohammed Ali om de Arabische gebieden te heroveren. Mohammed Ali stelde op zijn beurt zijn zoon, Tusun Pasha, aan om een militaire expeditie te leiden in 1811. De campagne werd teruggedraaid in Arabië, maar in 1812 werd een tweede aanval gelanceerd die Hejaz heroverde. p43-44 Na een twee jaar durende campagne werden de Saudis verpletterd en werd het grootste deel van de Saudische familie gevangen genomen. De leider van de familie, Abdullah ibn Saud, werd naar Istanbul gestuurd en geëxecuteerd. p48
Muhammad Ali richtte zijn aandacht vervolgens op militaire campagnes van zijn eigen ontwerp, te beginnen met de Sudan die hij beschouwde als een waardevolle toevoeging van grondgebied, goud en slaven. Soedan had in die tijd geen echt centraal gezag en gebruikte primitieve wapens in zijn stammenstrijd.
In 1820 stuurde Mohammed Ali een leger van 5000 man onder het bevel van zijn derde zoon, Ismail, naar het zuiden van Soedan met de bedoeling het grondgebied te veroveren en aan zijn gezag te onderwerpen. p51 De troepen van Ali maakten in 1821 vorderingen in Soedan, maar stuitten op hevig verzet. Uiteindelijk zorgden Egyptische troepen en vuurwapens voor de verovering van Soedan. Ali had nu een buitenpost van waaruit hij zich kon uitbreiden naar de bron van de Nijl in Ethiopië en Oeganda. Zijn administratie veroverde slaven uit Soedan, die vervolgens werden omgevormd tot een voetregiment van soldaten. Ali's harde heerschappij in Soedan, en die van zijn directe opvolgers, leidde uiteindelijk tot de populaire onafhankelijkheidsstrijd van de zelfverklaarde Mahdi, Muhammed Ahmed, in 1881.
Terwijl Mohammed Ali zijn gezag uitbreidde naar Afrika, kreeg het Ottomaanse Rijk te maken met etnische opstanden in zijn Europese gebieden. De Griekse opstand tegen de Ottomaanse overheersing begon in 1821. Het Ottomaanse leger slaagde er niet in de opstand neer te slaan en het etnische geweld verspreidde zich tot in Constantinopel. Sultan Mahmud II bood Mohammed Ali het eiland Kreta aan in ruil voor zijn steun bij het neerhalen van de opstand.
Muhammed Ali stuurde 16.000 soldaten, 100 transporten en 63 escortschepen onder leiding van zijn zoon, Ibrahim Pasha. p71. Groot-Brittannië, Frankrijk en Rusland kwamen tussenbeide om de Grieken te beschermen. Op 20 oktober 1827 werd bij de Navarino de hele Egyptische marine tot zinken gebracht door de Europese geallieerde vloot onder het bevel van admiraal Edward Codrington (1770-1851). Mohammed Ali leed het verlies van zijn bekwame, dure marine. Met de vernietiging van de vloot had Egypte geen enkele mogelijkheid om zijn troepen in Griekenland te ondersteunen en werd het land gedwongen zich terug te trekken. Uiteindelijk kostte de campagne Mohammed Ali zijn marine geen enkele winst.
Om de verliezen van hem en Egypte te compenseren werd de verovering van Syrië in gang gezet. Net als andere heersers van Egypte voor hem, wilde Ali de Levant beheersen, zowel voor zijn strategische waarde als voor zijn rijke natuurlijke hulpbronnen. Syrië had niet alleen een overvloed aan natuurlijke hulpbronnen, het had ook een bloeiende internationale handelsgemeenschap met goed ontwikkelde markten in de hele Levant. Het zou een gesloten markt zijn voor de goederen die nu in Egypte worden geproduceerd. Misschien wel het beste van alles was Syrië als bufferstaat tussen Egypte en de Ottomaanse sultan.
Er werd een nieuwe vloot gebouwd, een nieuw leger opgericht en op 31 oktober 1831 begon de Egyptische invasie van Syrië onder Ibrahim Pasja met de Eerste Turko-Egyptische Oorlog. De Egyptenaren overwonnen het grootste deel van Syrië met gemak. De sterkste en enige echt significante weerstand werd opgeworpen in de havenstad Acre. Het Egyptische leger veroverde de stad uiteindelijk na een belegering van zes maanden. De onrust aan het Egyptische thuisfront nam in de loop van de belegering toe. Ali werd gedwongen om Egypte meer en meer uit te knijpen om zijn campagne te steunen, en zijn volk had een hekel aan de toegenomen last.
Na de val van Acre trok het Egyptische leger naar het noorden, naar Anatolië. Tijdens de Slag bij Konya (21 december 1832) versloeg Ibrahim Pasja het Ottomaanse leger onder leiding van de Grootvizier Reshid Pasja. Er waren nu geen militaire obstakels meer tussen Ibrahim's troepen en Constantinopel zelf.
In de loop van de campagne heeft Mohammed Ali de Europese mogendheden nauwlettend in de gaten gehouden. Uit angst voor een nieuwe interventie die al zijn winst zou terugdraaien, ging hij langzaam en voorzichtig te werk. Zo zette hij de praktijk van het gebruik van de naam van de sultan voort bij het vrijdagsgebed in de nieuw veroverde gebieden. Hij bleef Ottomaanse munten in omloop brengen in plaats van nieuwe uit te geven met zijn gelijkenis. p111 Zolang de mars van Mohammed Ali de volledige ineenstorting van de Ottomaanse staat niet bedreigde, bleven de machten in Europa passieve waarnemers.
Ondanks deze show was het doel van Mohammed Ali nu om de huidige Ottomaanse sultan Mahmud II te verwijderen en te vervangen door de zoon van de sultan, de baby Abdülmecid. Deze mogelijkheid maakte Mahmud II zo gealarmeerd dat hij het aanbod van militaire hulp van Rusland aanvaardde. Dit leidde tot het Verdrag van Hünkâr İskelesi. p72 De winst van Rusland bracht de Britse en Franse regering tot ontsteltenis, dus ze werkten aan een onderhandelde oplossing. In mei 1833 werd het Verdrag van Kutahya ondertekend.
De voorwaarden van de vrede waren dat Ali zijn troepen uit Anatolië zou terugtrekken en de gebieden van Kreta en de Hejaz als compensatie zou ontvangen. Ibrahim Pasja zou worden benoemd tot Wāli van Syrië. Het vredesakkoord schoot echter tekort om Mohammed Ali een onafhankelijk koninkrijk voor zichzelf te geven, waardoor hij tekort schoot. p122
