Op 24 juli 1844, na de Dominicaanse onafhankelijkheid, maakte de regering vijf departementen (een andere naam voor provincie); een van die departementen was het departement El Seibo, met de gemeenten El Seibo, Hato Mayor, Higüey en Samaná. De eerste Dominicaanse grondwet handhaafde die indeling, maar als provincies in plaats van departementen.
De oorspronkelijke provincie omvatte het gehele oostelijke deel van Hispaniola, inclusief het schiereiland Samaná. Maar al snel werd de provincie verkleind om nieuwe provincies te maken. De eerste twee nieuwe provincies die gemaakt werden met land van de provincie El Seibo waren Samaná in 1865, en San Pedro de Macorís in 1882.
In 1961 werd de oude provincie La Altagracia, die later werd opgedeeld in de provincies La Altagracia en La Romana, gemaakt van de provincie El Seibo. De laatste provincie die met een deel van El Seibo werd gemaakt was Hato Mayor in 1984.
Mensen uit deze provincie namen deel aan de oorlog tegen Haïti tijdens de Onafhankelijkheidsoorlog; de leider was Pedro Santana, die een boerderij had in de buurt van de stad El Seibo en die de eerste president van het land werd.
Daarvoor vochten mensen uit El Seibo tegen het Franse leger. De belangrijkste slag was de Palo Hincado-slag die op 7 november 1808 door de Dominicaanse bevolking werd gewonnen, in een savanne (Palo Hincado Savanna) even ten oosten van Santa Cruz del Seibo. Al snel moesten de Fransen het land verlaten, en het hele eiland; ze hadden ook Haïti verloren.
De gemeentelijke districten van de provincie werden gecreëerd in:
- 1997 : Pedro Sánchez
- 2001 : El Cedro
- 2005 : La Gina
- 2006 : San Francisco-Vicentillo en Santa Lucía