De evolutionaire ontwikkelingsbiologie interpreteert de ontwikkeling in het licht van de evolutie en de moderne genetica. Het wordt kortweg "evo-devo" genoemd.

In On the Origin of Species (1859), stelde Charles Darwin evolutie door natuurlijke selectie voor, een theorie die centraal staat in de moderne biologie. Darwin erkende het belang van de embryonale ontwikkeling voor het begrijpen van de evolutie:

"Het is duidelijk waarom de kenmerken van het embryo even belangrijk zijn als die van de volwassene, want een natuurlijke classificatie omvat natuurlijk alle leeftijden".

Ernst Haeckel (1866) stelde voor dat "ontogenie de fylogenie recapituleert", dat wil zeggen dat de ontwikkeling van het embryo van elke soort (ontogenie) de evolutionaire ontwikkeling van die soort (fylogenie) herhaalt. Dit concept van Haeckel verklaarde bijvoorbeeld waarom de mens, en in feite alle gewervelde dieren, al vroeg in de embryonale ontwikkeling kieuwspleten en staarten hebben. Zijn theorie is sindsdien grotendeels in diskrediet gebracht.