Segmentatie in de biologie betekent de verdeling van sommige dierlijke en plantaardige lichamen in een reeks herhaalde secties of delen. Het komt veel voor bij enkele van de meest succesvolle diergroepen, zoals geleedpotigen, gewervelden en ringwormen.
Door segmentatie van het lichaam kunnen verschillende gebieden van het lichaam zich voor verschillende doeleinden ontwikkelen.
We weten nu veel over hoe de ontwikkeling van gesegmenteerde dieren wordt gestuurd. In een reeks experimenten met de fruitvlieg Drosophila kon E.B. Lewis een complex van genen identificeren waarvan de eiwitten zich binden aan de regulerende gebieden van doelgenen. Deze laatste activeren of onderdrukken dan celprocessen die de uiteindelijke ontwikkeling van het organisme sturen.
Bovendien vertoont de sequentie van deze controlegenen co-lineariteit: de volgorde van de loci in het chromosoom komt overeen met de volgorde waarin de loci langs de anterior-posterior as van het lichaam tot expressie komen. Niet alleen dat, maar dit cluster van meestercontrolegenen programmeert de ontwikkeling van alle hogere organismen.
Elk van de genen bevat een homeobox, een opmerkelijk geconserveerde DNA-sequentie. Dit suggereert dat het complex zelf is ontstaan door gen duplicatie.
In zijn Nobellezing zei Lewis: "Uiteindelijk moeten vergelijkingen van de [regelcomplexen] in het hele dierenrijk een beeld opleveren van hoe zowel de organismen als de [regelgenen] zijn geëvolueerd".