Er zijn nu heel wat voorbeelden van natuurlijke selectie in natuurlijke populaties.
Resistentie tegen antibiotica
Een bekend voorbeeld van natuurlijke selectie in actie is de ontwikkeling van antibioticaresistentie bij micro-organismen. Sinds de ontdekking van penicilline in 1928 door Alexander Fleming worden antibiotica gebruikt om bacteriële ziekten te bestrijden. Natuurlijke bacteriepopulaties bevatten onder hun enorme aantal individuele leden een aanzienlijke variatie in hun genetisch materiaal, als gevolg van mutaties. Bij blootstelling aan antibiotica sterven de meeste bacteriën snel, maar sommige hebben mutaties die hen iets minder gevoelig maken. Als de blootstelling aan antibiotica kort is, zullen deze individuen de behandeling overleven. De eliminatie van individuen die geen resistentie hebben, is een voorbeeld van natuurlijke selectie.
Met voldoende tijd en herhaalde blootstelling aan het antibioticum zal een populatie van antibioticaresistente bacteriën ontstaan. Dit leidt tot een zogenaamde evolutionaire wapenwedloop, of co-evolutie, waarbij bacteriën stammen blijven ontwikkelen die minder gevoelig zijn voor antibiotica, terwijl medische onderzoekers nieuwe antibiotica blijven ontwikkelen die deze bacteriën kunnen doden. Bestrijdingsstrategieën omvatten doorgaans het gebruik van andere, sterkere antibiotica; onlangs zijn echter nieuwe MRSA-stammen opgedoken die zelfs tegen deze geneesmiddelen resistent zijn. Een soortgelijke situatie doet zich voor bij de resistentie van pesticiden in planten en insecten, en bij de resistentie van malaria tegen kinine.
Camouflage
Een beroemd geval is de studie van de evolutie van de pepermot, en er zijn vele andere voorbeelden. De meeste van deze dagvliegende motten waren licht van kleur, maar slechts enkele motten waren donker. Aanvankelijk overleefden de lichtgekleurde motten beter omdat ze gecamoufleerd waren tegen de lichte kleur van de nabijgelegen bomen. Dit maakte het moeilijk voor vogels om ze te zien.
Toen er fabrieken werden gebouwd, maakte de vervuiling alle bomen zwart. Nu vielen de lichtgekleurde motten op tegen de donkere schors. De donker gekleurde motten waren in het voordeel nadat de omgeving was veranderd. De genen die de donkere kleur regelen, verspreidden zich door de mottenpopulatie. Na de tweede wereldoorlog zorgden controles tegen vervuiling ervoor dat het milieu schoner werd. Toen waren de lichtere motten weer in het voordeel, en ze komen nu veel vaker voor.
Mimicry is een ander voorbeeld: Sommige ongevaarlijke insecten bootsen andere insecten na die gevaarlijk zijn, of die vies smaken. Mimicry evolueert omdat de betere imitators beter overleven. Zij leven en produceren meer nakomelingen dan de minder goede imitators. De genen van de betere nabootsers komen vaker voor in de soort. Na verloop van tijd komen imitatiesoorten dichter bij hun modellen.