Oorsprong
De Missouri Synode werd opgericht door verschillende gemeenschappen van Duitse Lutheranen in de Verenigde Staten. F. C. D. Wyneken deed zendingswerk in Indiana, Ohio, en Michigan. Martin Stephan stichtte een gemeenschap van lutheranen in Perry County, Missouri, en St. Louis, Missouri. Wilhelm Löhe zond zendelingen naar Michigan en Ohio.
De Saksische immigratie
In het Koninkrijk Saksen in de 19e eeuw dachten de lutherse predikant Martin Stephan en veel van zijn volgelingen dat hun kerk gedwongen zou worden om te fuseren met de gereformeerde kerk. Om die reden verlieten Stephan en tussen de 600 en 700 andere Saksische Lutheranen Duitsland om in november 1838 naar de Verenigde Staten te verhuizen. Ze hadden vijf schepen.
Hun schepen kwamen tussen 31 december 1838 en 20 januari 1839 in New Orleans aan. Eén schip ging verloren op zee. Daarna vestigden zij zich in Perry County, Missouri. Aanvankelijk was Stephan de bisschop. Later zeiden andere leden dat Stephan corrupt was en een ontuchtpleger, dus werd hij eruit getrapt. Hierdoor werd C. F. W. Walther de nieuwe leider.
De Löhe missionarissen
In 1842 begon een Duitse dominee genaamd Wilhelm Löhe zendelingen naar Amerika te sturen. Zij stichtten gemeenten in Ohio, Michigan, en Indiana.
Oprichting en beginjaren
In 1844 en 1845 begonnen de drie bovengenoemde groepen (de Saksen, de zendelingen van Löhe en Wyneken) te praten over het stichten van een synode. Op 26 april 1847 kwamen twaalf predikanten bijeen in Chicago, Illinois, en stichtten officieel de Duits Evangelisch Lutherse Synode van Missouri, Ohio en andere Staten. Walther was de eerste president.
De synode was conservatief. Löhe vertrok omdat hij het niet eens was met sommige leerstellingen.
De Synodische Conferentie
In 1857 en 1872 sloot de LCMS een verbond met vijf andere conservatieve Lutherse synoden. Deze groepen vormden de Evangelisch Lutherse Synodische Conferentie van Noord-Amerika.
Engelse overgang
Gedurende de dertig jaar na haar oprichting richtte de Missouri Synode zich op Duits sprekende Lutheranen. In 1872 richtten leden van de Missouri Synode, samen met drie andere synoden, de "English Evangelical Lutheran Conference of Missouri" op. Deze groep richtte zich op Engels-sprekenden. Zij werd een onafhankelijke synode in 1888 en fuseerde met de LCMS in 1911.
Engels werd meer gebruikelijk in de LCMS gedurende de eerste twee decennia van de 20e eeuw. Sommige kerkgenootschappen lieten alle Duitse diensten vallen.
Post-WWII
In 1947 verkortte de synode haar naam tot "The Lutheran Church-Missouri Synod". In 1964 fuseerde de National Evangelical Lutheran Church, een van oudsher Fins-Amerikaanse lutherse kerk, met de LCMS. In 1971 fuseerde de Synode van Evangelisch-Lutherse Kerken, een historisch Slowaaks-Amerikaanse kerk, met de LCMS.
De Synodale Conferentie viel uiteen in 1963. Zes jaar later vormde de LCMS met verschillende andere lutherse synoden de Lutherse Raad in de Verenigde Staten van Amerika (LCUSA). Deze waren gematigd en liberaal. Daarna begon de LCMS weer conservatiever te worden.
Sommige van de meer liberale professoren en studenten verlieten Concordia Seminary en begonnen Seminex. In 1976 verlieten ongeveer 250 van de meer vrijzinnige congregaties de synode. Daarna verliet de LCMS de LCUSA.