In het begin van de jaren 50 gaf hij les aan de École Normale. Daarna begon hij psychologie te doceren aan de universiteit van Lille. In 1954 publiceerde Foucault zijn eerste boek, Maladie mentale et personnalité. In het midden van de jaren vijftig werkte hij aan de Universiteit van Warschau en aan de Universiteit van Hamburg.
In 1960 keerde hij terug naar Frankrijk om hoogleraar filosofie te worden aan de Universiteit van Clermont-Ferrand. In het midden van de jaren zestig verhuisde Foucault met zijn geliefde naar Tunis (in Noord-Afrika), en kreeg een baan als docent aan de Universiteit van Tunis. In 1966 publiceerde hij Les Mots et les choses (De orde der dingen), dat zeer populair was. In 1968 keerde hij terug naar Frankrijk, waar hij L'archéologie du savoir (De archeologie van de kennis) publiceerde.
Eind jaren zestig, na grote studentenprotesten en rellen in Frankrijk, richtte de Franse regering een nieuwe experimentele universiteit op in Vincennes. Foucault werd het eerste hoofd van de filosofie-afdeling. Foucault sloot zich aan bij studenten die administratieve gebouwen bezetten en vochten met de politie.
In 1970 werd Foucault hoogleraar in de geschiedenis van de denksystemen aan het Collège de France. Zijn politieke betrokkenheid nam nu toe. Zijn mannelijke minnaar Defert sloot zich aan bij de ultra-maoïstische Gauche Proletarienne (GP). Foucault schreef vervolgens Surveiller et Punir (Tuchtiging en bestraffing), over gevangenissen en scholen.
