Prehistorisch
Archeologisch onderzoek heeft sinds 30.000 jaar geleden tekenen van menselijk leven in Noord-Sulawesi aan het licht gebracht, gebaseerd op bewijsmateriaal in de grot Liang Sarru op het eiland Salibabu. Andere bewijzen tonen het leven ongeveer 6.000 jaar geleden op de Passo Hillside Site in het Kakas District en 4.000 jaar geleden tot het begin van AD in de Liang Tuo Mane'e grot in Arangkaa op Karakelang Eiland.
Vroege periode
Koloniale periode
Aan het einde van de 16e eeuw kwamen de Portugezen en Spanjaarden in Noord-Sulawesi aan. Portugal was de eerste westelijke natie die in Noord-Sulawesi aankwam. Een Portugees schip landde op Manado Het Sultanaat van Maguindanao controleerde de noordelijke eilanden in die tijd. De Portugezen bouwden het fort in Amurang.
Het Spaanse schip heeft aangemeerd op het eiland Talaud en Siau, op naar Ternate. Spanje bouwde het Fort in Manado, sindsdien begon de Minahasa de controle over Spanje. Het verzet tegen de Spaanse bezetting bereikte zijn hoogtepunt in 1660-1664.
Het Nederlandse schip landde in 1660 in Manado City om de strijd van de Minahasa Confederatie tegen Spanje te ondersteunen. De republikeinse vereniging van leden van de Minahasa Confederatie van de Verenigde Naties sloot een handelsovereenkomst met de VOC. Deze handelssamenwerkingsovereenkomst zorgde er vervolgens voor dat de VOC de handel monopoliseerde, die geleidelijk aan haar wil begon op te leggen, wat uiteindelijk leidde tot het verzet in Ratahan in de jaren 1700 dat culmineerde in de Nederlandse Minahasa-oorlog in 1809-1811 in Tondano.
De Spanjaarden hadden de Filippijnse eilanden al gekoloniseerd. Ze maakten van de Minahasa een koffieplantage. Spanje maakte van Manado een centrum van koffiehandel voor Chinese kooplieden. Sommige Minahasa-stammen hielpen Spanje met het veroveren van het Portugese fort in Amurang in de jaren 1550. De Spaanse kolonisten bouwden toen het fort in Manado. Uiteindelijk controleerde Spanje alle Minahasa.
In de 16e eeuw was een van de eerste Indo-Eurasische gemeenschappen in de archipel in Manado. De eerste koning van Manado was Muntu Untu (1630). Hij was een half-Spaanse voorvader. Spanje gaf Minahasa later aan de Portugezen in ruil voor 350.000 dukaten in een verdrag. De heersers van de Minahasa stuurden Supit, Pa'at en Lontoh om met de Nederlanders te vechten om de Portugezen uit de Minahasa te dwingen. Zij slaagden in 1655. Zij bouwden hun eigen fort in 1658 en dwongen de laatste Portugezen een paar jaar later uit.
In het begin van de 17e eeuw hadden de Nederlanders het sultanaat van Ternate omvergeworpen. Ze begonnen de macht van Spanje en Portugal in de archipel te verminderen. In 1677 veroverden de Nederlanders de Sangir-archipel. Twee jaar later bezocht Robert Padtbrugge, de gouverneur van Maluku, Manado. Hij sloot een overeenkomst met de Minahasaanse stamhoofden. Dit liet de Nederlanders de komende 300 jaar domineren. De directe heerschappij van de Nederlanders begon echter pas in 1870. De Nederlanders hielpen de Minahasa confederatie te verenigen. In 1693 wonnen de Minahnians een militaire overwinning op de Mongoolse stam in het zuiden. De Nederlandse invloed nam toe en het Christendom en de Europese cultuur groeide in de Minahasa. De missiescholen in Manado in 1881 waren een van de eerste pogingen van massa-onderwijs in Indonesië. Afgestudeerden van de scholen konden werk vinden als ambtenaar, in het leger, en in de Nederlandse Oost-Indische regering. De Minahasa relaties met de Nederlanders waren vaak slecht. Er was een oorlog tussen de Nederlanders en Tondano in 1807 en 1809. Het Minahasa gebied was niet onder Nederlands direct bestuur tot 1870. Maar uiteindelijk werden de Nederlanders en de Minahasa erg hecht. Dus, Minahasa werd vaak de 12e Nederlandse provincie genoemd. Zelfs in 1947 vormde Manado de politieke beweging van Twapro, kort voor Twaalfde Profincie (Twaalfde Provincie) die een formele integratie van de Minahasa in het Koninkrijk der Nederlanden wilde.
Onafhankelijkheid
De Japanners bezetten het gebied van 1942 tot 1945. was een periode van ontbering, en de geallieerden bombardeerden Manado sterk in 1945. Tijdens de periode van onafhankelijkheid daarna, was er een splitsing tussen pro-Indonesische en pro-Nederlandse Minahasa. De benoeming van Sam Ratulangi als de eerste Oost Indonesische gouverneur slaagde er toen in om de Minahasa steun aan de Republiek Indonesië te winnen. Na de Indonesische onafhankelijkheid is Indonesië verdeeld in 8 provincies, en Sulawesi is één van deze provincies. Sulawesi's eerste gouverneur was S.G.J.Ratulangi, ook bekend als een nationale held. In 1948 werd in Sulawesi de staat Oost-Indonesië gevormd, die later één van de staten binnen de Verenigde Staten van Indonesië werd. De staat Oost-Indonesië werd ontbonden en samengevoegd tot de Republiek Indonesië. Gebaseerd op wet nummer 13 jaar 1964, vormde de provincie Noord Sulawesi. 14 augustus 1959 werd aangewezen als de verjaardag van de provincie.
In maart 1957 eisten de militaire leiders van Noord- en Zuid-Sulawesi meer vrijheid van Java. Zij wilden een actievere ontwikkeling, een eerlijke verdeling van het belastinggeld en hulp tegen de opstand van Kahar Muzakar in Zuid-Sulawesi. Ze wilden een centrale regering onder leiding van zowel Soekarno als Hatta. In het begin was de beweging van de 'Permesta' (Handvest van de Strijd van het Universum) slechts een hervormingsbeweging in plaats van een separatistische beweging.
Onderhandelingen tussen de centrale regering en de militaire leiders van Sulawesi hebben het geweld in Zuid-Sulawesi voorkomen, maar de leiders van Minahasan waren niet tevreden met het resultaat van de overeenkomst en de beweging brak uit. Uit angst voor de zuidelijke overheersing verklaarden de Minahasaanse leiders in juni 1957 hun eigen noordelijke Sulawesi autonome staat. Destijds had de centrale regering Zuid-Sulawesi gecontroleerd, maar in het Noorden waren er geen sterke figuren van de centrale regering en er waren geruchten dat de Verenigde Staten gewapend waren met opstand in het Noorden van Sumatra, ook banden had met de Minahasaanse leiders.
De mogelijkheid van buitenlandse interventie was voor de centrale regering aanleiding om militaire bijstand te vragen aan Zuid-Sulawesi. De Permesta-troepen werden later verwijderd uit Centraal Sulawesi, Gorontalo, Sangir en Morotai in Maluku. Permesta vliegtuigen (geleverd door de VS en gevlogen door Filippijnse, Taiwanese en Amerikaanse piloten) werden vernietigd. De VS ging toen verder, en in juni 1958 landde het centrale regeringsleger in Minahasa. De Permesta opstand eindigde medio 1961.
De Sumatraanse en Sulawesi rebellen hebben gefaald. Ze hielpen zelfs om te creëren wat ze niet wilden, omdat het centrum reageerde op de dreiging van de opstand. De centrale overheidsinstantie nam toe terwijl de regionale autonomie zwakker werd. Radicaal nationalisme werd sterker. De macht van de communistische partij en de macht van Soekarno nam toe terwijl Hatta verzwakte. Soekarno vestigde uiteindelijk de geleide democratie in 1958.
Sinds de hervormingen van 1998 is de Indonesische regering begonnen met het aannemen van wetten die de regionale autonomie versterken, het belangrijkste idee waar Permesta voor vecht.
