Sorai schreef veel invloedrijke werken waarin hij liet zien wat volgens hem de twee fundamentele problemen waren van de filosofie van het Song Confucianisme. Het eerste was met het bakufu-domeinsysteem, dat tegen de achttiende eeuw in de problemen zat. Sorai betwijfelde of het voldoende was dat ieder mens zijn ethisch goed wilde vinden. Hij stelde dat het oplossen van de politieke crisis van die tijd meer vereiste dan het perfectioneren van het morele karakter. Hij zag ook dat de Chinese wijze koningen zich niet alleen bezighielden met moraal, maar ook met het bestuur zelf. Het tweede punt waarop Sorai het oneens was met het Song Confucianisme was dat hij vond dat het te veel nadruk legde op moraliteit en dat het de menselijke natuur onderdrukte, omdat de menselijke natuur gebaseerd was op emotie.
Sorai dacht niet dat deze twee problemen problemen waren met het Confucianisme zelf. Hij dacht dat de Song Confucianisten de klassieke werken van de Vier Boeken en de Vijf Klassieken verkeerd interpreteerden. Volgens Sorai deden zij dit omdat zij "de oude woorden niet kenden". Sorai raadpleegde de oude werken om meer betrouwbare kennis te verkrijgen. Hij stelde dat de ultieme vorm van geleerde kennis de geschiedenis was. Voor hem waren deze werken de beste bron, ook al veranderde het heden voortdurend. Sorai vond dat de studie van de filosofie begon met de studie van de taal. Hierbij werd hij sterk beïnvloed door de Oude Retorische school uit de Ming-periode. Deze stroming zag de Qin en Han periodes als model voor proza, en de Tang periode als model voor poëzie. De Sorai school introduceerde in Selections of Tang Poetry in Japan, waar het zeer populair werd. Dit werk zou zijn uitgegeven door Li Panlong (李攀竜 1514-70), die een stichter was van de Oude Retorische school. Als gevolg hiervan staat Sorai's school tegenwoordig ook bekend als de Ancient Rhetoric (kobunji 古文辞) school. Sorai's school zag Selecties van Tang Poëzie vooral als een middel om toegang te krijgen tot de Vijf Klassieken. In dit opzicht verschilde zij van andere Confucianistische scholen. Sorai beschuldigde ook andere Confucianisten in Japan, zoals Hayashi Razan, ervan te veel te vertrouwen op Song bronnen zoals Zhu Xi.
Sorai was het ook niet eens met andere leerstellingen van het Song Confucianisme. Een daarvan was dat de Weg geen vooraf bepaald principe van het universum was, maar eerder een instelling van mensen: de oude wijzen hadden het beschreven in de Confucianistische klassieke werken. Deze voorzagen in de Weg, die werd verdeeld door riten (rei 礼) en muziek (gaku 楽). De riten gaven sociale orde en de muziek gaf inspiratie voor het hart. Dit maakte de stroom van menselijke emoties direct mogelijk, iets waar de moralistische filosofie van het Song Confucianisme het niet mee eens was. Sorai pleitte voor het tegenovergestelde, en wilde dat mensen verrijkt werden door muziek en poëzie. Hij leerde dat literatuur verzorgd moest worden, omdat het een belangrijk onderdeel was van de menselijke expressie. Als gevolg daarvan begon het Chinese schrift in Japan te bloeien en werd het een geaccepteerde kunstvorm. Zo waren verschillende grote schrijvers van Chinese compositie uit die tijd volgelingen van zijn school.
Sorai was een aanhanger van de samoeraiklasse. Terwijl de meeste oude instellingen achteruitgaan door leiderschapsproblemen, waren de samoerai volgens hem het best in staat dit probleem op te lossen met een systeem van beloningen en straffen. Sorai zag ook problemen met de koopmansklasse in die tijd: hij beschuldigde hen van samenzwering om de prijzen te blokkeren. Hij steunde de lagere klassen echter ook niet. Hij stelde: "Welke waarde kan er voor het gewone volk zijn om hun eigen plaats in het leven te overschrijden en zulke boeken [als de Confuciaanse klassieken] te bestuderen?".
Meester Sorai's lessen
Master Sorai's Teachings is een verslag van Sorai's onderwijs en zijn uitwisselingen met zijn studenten. De tekst werd bewerkt door zijn eigen leerlingen en bevatte hun vragen gevolgd door zijn antwoorden. Het werk werd pas in 1724 uitgegeven, maar men denkt dat het rond 1720 is geschreven. Hierin schrijft hij dat literatuur niet zozeer bedoeld is voor onderricht in moraal of bestuur, maar veeleer om de emoties van de mens te laten stromen. Hieruit kunnen antwoorden worden gevonden op de eerstgenoemde onderwerpen. Hoewel Sorai probeerde de bronnen van de Tokugawa legitimiteit opnieuw te definiëren, was zijn doel duidelijk om het gezag van het Tokugawa shogunaat te versterken.
