De voortplanting in Paramecium wordt al vele jaren onderzocht. Paramecium heeft twee kernen (een grote macronucleus en een enkele compacte micronucleus). Ze kunnen niet overleven zonder de macronucleus en zich niet voortplanten zonder de micronucleus. De voortplanting gebeurt ofwel door binaire splijting (aseksueel), conjugatie (seksueel), of, in zeldzame gevallen, door endomixis, een proces van zelfbevruchting. Bij de binaire splijting deelt een volgroeid organisme zich in twee dochtercellen. Conjugatie bestaat uit de tijdelijke vereniging van twee organismen en de uitwisseling van micro-nucleaire elementen. Zonder de verjongende werking van conjugatie veroudert en sterft een paramecium. Alleen tegengestelde paringstypen, of genetisch compatibele organismen, kunnen zich verenigen in conjugatie.
Dit voortplantingssysteem is uniek voor ciliaten, en is een van de redenen waarom wij denken dat de Protista geen natuurlijke clade is (monofyletisch), maar eerder een polyfyletische verzameling van eencellige organismen.
Paramecium aurelia
Deze soort bestaat uit 14 "syngenen", elk genetisch geïsoleerd van de andere, en biochemisch uniek. Elke syngens heeft twee paringstypen. De syngenen lijken zo sterk op elkaar dat ze geen aparte soortnaam hebben gekregen. p322
Killer paramecia en kappa deeltjes
Dit zijn paramecia die in het hun omringende medium deeltjes afscheiden die andere paramecia doden. Deze dodelijke eigenschap wordt veroorzaakt door kappa deeltjes, die symbiotische bacteriën zijn. De kappa-deeltjes worden alleen aangetroffen bij paramecia met een dominant K-gen. Het doden wordt gedaan door kleinere deeltjes die defecte DNA-fagen zijn. De kappa-bacterie is slechts een van de vele die in natuurlijke populaties van Paramecium aurelia worden aangetroffen. p243/4
