Schubreptielen

De squamaten vormen een monofyletische groep die een zustergroep is van de tuatara. De squamaten en de tuatara vormen samen een zustergroep van de krokodillen en de vogels, de levende archosauriërs.

Fossielen van inktvissen duiken voor het eerst op in het vroege Jura, maar een mitochondriale fylogenie suggereert dat zij in het late Perm zijn geëvolueerd. De evolutionaire relaties binnen de squamaten zijn nog niet volledig uitgewerkt, waarbij de relatie van slangen tot andere groepen het meest problematisch is.

Op grond van morfologische gegevens werd gedacht dat de Iguanide hagedissen zeer vroeg van de andere squamaten gedivergeerd zijn, maar recente moleculaire fylogenieën, zowel van mitochondriaal als van nucleair DNA, ondersteunen deze vroege divergentie niet. Omdat slangen een snellere moleculaire klok hebben dan andere squamaten, en er weinig vroege fossielen van slangen en voorouders van slangen zijn, is het moeilijk om de relatie tussen slangen en andere squamaatgroepen op te lossen.

Recent onderzoek suggereert dat de evolutionaire oorsprong van gif diep in de fylogenie van de squamaten ligt. 60% van de squamaten zijn giftige Toxicofera.

Het gif van de families Caenophidia, Anguimorpha en Iguania is één keer geëvolueerd, en daarna zijn de drie families uiteengegaan. Alle drie de families hebben negen gemeenschappelijke gifstoffen. Uit het fossielenbestand blijkt dat de divergentie tussen anguimorpha, leguanen en geavanceerde slangen ruwweg 200 MYA teruggaat tot het Boven-Trias/Laag-Jura.

Slangengif evolueerde door de verdubbeling van een gen dat codeert voor een normaal regulerend of bio-actief eiwit. Vervolgens kwam de kopie tot expressie in de gifklier.

Verschillende toxinen zijn gerekruteerd uit verschillende eiwitten en zijn divers als de functies zelf.

Natuurlijke selectie heeft geleid tot de diversificatie van de toxinen om de verdediging van de prooi tegen te gaan. Gifgenen vormen grote multigene families, en evolueren door eiwitevolutie. Dit leidt tot een diversificatie van toxinen waarmee zittende roofdieren een breed scala van prooidieren kunnen aanvallen.

De snelle evolutie en diversificatie is het resultaat van een evolutionaire wapenwedloop tussen prooi en roofdier, waarbij de ene zich aanpast om de andere tegen te werken.

Klassiek is de orde onderverdeeld in drie onderordes:

• Lacertilia, de hagedissen;
• Serpentes, de slangen;
• Amphisbaenia, de wormhagedissen.

Daarvan vormen de hagedissen een parafyletische groep. In nieuwere classificaties wordt de naam Sauria gebruikt voor reptielen en vogels in het algemeen, en worden de Squamata anders ingedeeld:

• Onderorde Iguania (de leguanen en kameleons)
• Onderorde Scleroglossa
• Infraorde Gekkota (de gekko's)
• Infraorde Anguimorpha (de varanen, het Gilamonster en de langzame wormen)
• Infraorde Scincomorpha (skinken, zweepstaarthagedissen en gewone Europese hagedissen)
• Onderorde Serpentes (de slangen)
• Infraorde Alethinophidia (adders, boa's, cobra's, enz.)
• Infraorde Scolecophidia (blinde slangen)
• Onderorde Amphisbaenia