Johannes Peter Müller (14 juli 1801 - 28 april 1858) was een Duits fysioloog, vergelijkend anatoom, ichthyoloog en herpetoloog. In 1833 werd hij hoogleraar fysiologie aan de universiteit van Berlijn.
In het latere deel van zijn leven wijdde hij zich voornamelijk aan de vergelijkende anatomie. Vissen en ongewervelde zeedieren waren zijn favoriete onderwerpen. Hij maakte 19 reizen naar de Oostzee, de Noordzee, de Adriatische Zee en de Middellandse Zee om het zoutwaterleven te onderzoeken.
Hij schreef een uitgebreid werk over de anatomie van amfibieën, waartoe in zijn tijd ook reptielen behoorden. Ook beschreef hij verschillende nieuwe slangensoorten.
Müller begeleidde een aantal vooraanstaande fysiologen en biologen, waaronder Hermann von Helmholtz, Emil du Bois-Reymond, Theodor Schwann, Friedrich Gustav Jakob Henle, Carl Ludwig en Ernst Haeckel. In 1834 werd hij verkozen tot buitenlands lid van de Koninklijke Zweedse Academie van Wetenschappen. In 1854 ontving hij de Copley Medal van de Royal Society.
