De Cherokee vereren de Grote Geest. Zij wordt Unelanuhi genoemd, de zonnegodin. Zij was de voorzitster van alle dingen toen de aarde werd geschapen, en zou de aarde hebben gemaakt om haar kinderen te voeden. Unelanuhi is alziend, alwetend en almachtig. Het Wahnenauhi Manuscript zegt dat God Unahlahnauhi is, wat "maker van alle dingen" betekent, en Kalvlvtiahi, wat "degene die boven leeft" betekent.
De donderjongens zijn de zonen van Kanati en Selu. Ze wonen in het land van het westen boven de hemel. Als de donder klinkt, zijn de jongens aan het balspelen. De bliksem en de regenboog zijn hun mooie kleding. De priesters bidden tot de donder en hij bezoekt de mensen om de regens en zegeningen uit het zuiden te brengen. Men geloofde dat de donderwezens die dicht bij het aardoppervlak leefden, in de rotsen en bergen, en onder watervallen, de mensen soms kwaad konden doen en dat ook deden. Deze andere donderwezens beraamden altijd onheil. De donderwezens werden gezien als de machtigste van de dienaren van de Grote Geest. Zij werden vereerd in de eerste dans van de Groene Maïsceremonie die elk jaar werd gehouden. Men geloofde dat zij de regens brachten voor een succesvolle maïsoogst.
Andere geesten
- Asgaya Gigagei - De Rode Man of Vrouw opgeroepen in spreuken om de zieken te genezen. Asgaya Gigagei is mannelijk of vrouwelijk, afhankelijk van het geslacht van de patiënt.
- Kanati - "De Gelukkige Jager." Soms ook Eerste Man genoemd. Hij woont met zijn vrouw Selu ("Maïs") in het oosten waar de zon opkomt, en hun zonen, de Tweeling Donder Jongens, wonen in het westen.
- Ocasta - "Steenjas." De naam komt van zijn vacht die gemaakt was van stukken vuursteen. Even goed als kwaad, Ocasta was een van de helpers van de Schepper. Ocasta creëerde heksen en trok van dorp naar dorp om onrust te stoken. Sommige vrouwen lieten Ocasta in de val lopen en staken hem met een stok door zijn hart. De mannen crepeerden de stervende Ocasta, die hen op zijn brandstapel liederen en dansen leerde voor de jacht, oorlogsvoering en genezing. Sommige van de mannen kregen grote macht en werden de eerste medicijnmannen.
- Selu - "Maïs." Soms bekend als Eerste Vrouw. Kanati's vrouw. Selu maakte in het geheim maïs door over haar buik te wrijven of door te poepen. Haar zonen, de Twin Thunder Boys, doodden haar toen ze haar bespioneerden en besloten dat ze een heks was.
- Zon - een godin. Toen Sun's dochter door een slang werd gebeten en naar het Spookland werd gebracht, verborg Sun zich in verdriet. De wereld was altijd donker, en Sun's tranen werden een vloed. Uiteindelijk stuurden de Cherokee hun jonge mannen en vrouwen om Suns verdriet te genezen, wat zij deden met zang en dans.
Evil
Er is niet één kwade geest in de Cherokee theologie. Een asgina is elke soort geest, maar meestal wordt hij beschouwd als een slechte geest. Uya, soms Uyaga genoemd, is een kwade aardgeest die de krachten van het goede en wat juist is, tegenwerkt. Er is ook Nun'Yunu'Wi en Kalona Ayeliski, kwade geesten die azen op de zielen van de stervenden en die hun slachtoffers kwellen tot zij sterven.
Van oudsher geloofde men dat alle ziekte en lijden veroorzaakt werden door de geesten of door hekserij. Men geloofde ook dat de planten medicijnen maakten om elke ziekte te genezen die de wereld binnenkwam. Wanneer de medicijnman niet weet welk medicijn hij moet gebruiken, vertellen de geesten van de planten het hem.