In 793 joeg een inval van de Vikingen in Lindisfarne veel mensen in het christelijke westen schrik aan. Het jaar 793 wordt vaak het begin van het tijdperk van de invallen van de Vikingen genoemd. Een zeer beroemde passage in de Angelsaksische Kroniek luidt:
"In dit jaar kwamen er heftige, onheilspellende voortekenen over het land Northumbria. Er waren buitensporige wervelstormen, bliksemstormen, en men zag vurige draken in de lucht vliegen. Deze tekenen werden gevolgd door grote hongersnood, en op 8 januari van hetzelfde jaar verwoestte de ravage van heidenen Gods kerk te Lindesfarne."
Uiteindelijk ontvluchtten de monniken het eiland. Zij namen het lichaam van St. Cuthbert mee, dat nu begraven ligt in de kathedraal van Durham. De priorij werd in de tijd van de Noormannen opnieuw gesticht als benedictijnenhuis en bleef bestaan tot de ontbinding in 1536 onder Hendrik VIII. Het is nu een ruïne onder de hoede van English Heritage, die ook een museum/bezoekerscentrum in de buurt heeft. De naburige parochiekerk (zie hieronder) is nog steeds in gebruik.
Lindisfarne heeft ook het kleine kasteel, gebaseerd op een Tudor-fort en open voor bezoekers.
J.M.W. Turner, Thomas Girtin en Charles Rennie Mackintosh schilderden allen op Holy Island.