In de jaren 1830 werd slavernij een steeds polariserender onderwerp in de Verenigde Staten. Adams, van oudsher tegenstander van slavernij, gebruikte zijn nieuwe rol in het Congres om de slavernij te bestrijden, en hij werd de meest prominente nationale leider die zich tegen slavernij keerde. Na een van zijn herverkiezingsoverwinningen zei hij dat hij "een voorspelde dag moest bewerkstelligen waarop slavernij en oorlog van de aardbodem zullen worden verbannen". In 1820 schreef hij in zijn dagboek:
De discussie over deze Missouri kwestie heeft het geheim van hun ziel verraden. In abstracto geven zij toe dat slavernij een kwaad is, zij ontkennen het, en werpen het allemaal op de schouder van...Groot Brittannië. Maar wanneer zij er tot op het bot op worden onderzocht, tonen zij op de bodem van hun ziel trots en ijdelheid in hun staat van heerschappij. Ze kijken neer op de eenvoud van de Yankee's manieren, omdat hij niet de gewoonte heeft zich te dominant op te stellen zoals zij en negers niet als honden kan behandelen. Een van de kwaden van slavernij is dat het de bronnen van morele principes bezoedelt. Het vestigt valse schattingen van deugd en ondeugd: want wat kan er meer vals en harteloos zijn dan deze doctrine die de eerste en heiligste rechten van de mensheid laat afhangen van de kleur van de huid?
In 1836 legde het Huis van Afgevaardigden, gedeeltelijk als reactie op Adams' consequente indiening van burgerpetities met het verzoek om afschaffing van de slavernij in het District Columbia, een "knevelregel" op die onmiddellijk alle petities over slavernij terzijde legde. De regel werd gesteund door de Democraten en de Zuidelijke Whigs, maar was grotendeels tegengewerkt door Noordelijke Whigs zoals Adams.
Eind 1836 begon Adams een campagne om slaveneigenaars en de gag rule belachelijk te maken. Hij probeerde regelmatig petities tegen de slavernij in te dienen, vaak op een manier die heftige reacties uitlokte van zuidelijke vertegenwoordigers. Hoewel de gag rule van kracht bleef, leidde de discussie die door zijn acties en de pogingen van anderen om hem het zwijgen op te leggen, tot vragen over het petitierecht, het recht op wetgevend debat en de moraliteit van slavernij. Adams vocht nog zeven jaar actief tegen de spreekverbodregel en diende uiteindelijk de resolutie in die in 1844 tot de opheffing ervan leidde.
In 1841, op verzoek van Lewis Tappan en Ellis Gray Loring, sloot Adams zich aan bij de zaak van de Verenigde Staten tegen de Amistad. Adams stapte naar het Hooggerechtshof namens Afrikaanse slaven die in opstand waren gekomen en het Spaanse schip de Amistad in beslag hadden genomen. Adams verscheen op 24 februari 1841 en voerde vier uur lang het woord. Zijn betoog slaagde; het Hof besliste in het voordeel van de Afrikanen, die vrij werden verklaard en naar hun huizen terugkeerden.
