Archeologen geloven dat de soort op Flores minstens tot 12.000 jaar geleden heeft overleefd. Daarmee is het de langstlevende niet-moderne mens. Hij leefde ook langer dan de Neanderthalers (H. neanderthalensis), die ongeveer 24.000 jaar geleden uitstierven.
Door een diepe aangrenzende zeestraat is Flores tijdens de laatste ijstijd geïsoleerd gebleven. Daarom denken de ontdekkers van H. floresiensis dat de soort, of zijn voorouders, het geïsoleerde eiland ongeveer 100.000 jaar geleden (of, als het om H. erectus gaat, ongeveer 1 miljoen jaar geleden) via watertransport bereikt moeten hebben.
De plaatselijke geologie suggereert dat een vulkaanuitbarsting op Flores ongeveer 12.000 jaar geleden verantwoordelijk was voor het einde van H. floresiensis en de dieren die op het eiland leefden. Ook de olifant Stegodon is in die tijd uitgestorven.
Verhalen van latere overleving
Er zijn lokale verhalen dat een klein ras van mensen op het eiland leefde. De Ebu Gogo waren kleine, harige, taalarme grotbewoners. Er wordt gezegd dat zij er al waren ten tijde van de aankomst van de eerste Portugese schepen in de 16e eeuw. Er wordt beweerd dat deze wezens nog in de late 19e eeuw hebben bestaan. Gerd van den Bergh, een paleontoloog die met de fossielen werkt, meldde tien jaar voor de ontdekking van de fossielen al van de Ebu Gogo te hebben gehoord. Op het nabijgelegen eiland Sumatra wordt melding gemaakt van een 1 tot 1,5 m lange mensachtige, de Orang Pendek, die verwant zou kunnen zijn aan de H. floresiensis.