Mycoplasma genitalium is een kleine parasitaire bacterie die leeft op de gecilieerde epitheelcellen van de geslachtsorganen en de ademhalingswegen van primaten.
Hij heeft een van de kleinste bekende genomen, en is een van de kleinste bacteriën. Andere zeer kleine bacteriën zijn de endosymbiont Candidatus Carsonella ruddii, en de onlangs ontdekte bacterie Nanoarchaeum. De kleinste bekende vrij levende bacterie is Pelagibacter ubique met 1,3 Mb.
Mycoplasma genitalium werd oorspronkelijk in 1980 geïsoleerd uit de urethra's van twee mannelijke mensen met niet-gonokokken urethritis. Besmetting met M. genitalium komt vrij vaak voor, en wordt overgedragen tussen partners tijdens onbeschermde geslachtsgemeenschap. Zij kan met antibiotica worden behandeld. Er moet nog veel worden ontdekt over de rol ervan bij seksuele ziekten.
M. genitalium heeft 525 genen. Er zijn 482 eiwitcoderende genen op een cirkelvormig chromosoom van 582.970 basenparen. Een eerste studie van het M. genitalium-genoom met shotgun-sequencing werd verricht door Peterson in 1993. Daarna werd het gesequeneerd door Fraser en anderen. Het bleek slechts 470 voorspelde coderende regio's te bevatten, waaronder genen die nodig zijn voor DNA-replicatie, transcriptie en translatie, DNA-reparatie, cellulair transport en energiemetabolisme. Het was het tweede volledige bacteriële genoom dat ooit is gesequenced, na Haemophilus influenzae.