De eerste Europese stad, La Isabela, werd in januari 1493 door Columbus gesticht in de buurt van de stad Puerto Plata; de stad Puerto Plata werd gesticht in 1502.
In 1605 werden de steden Puerto Plata en Monte Cristi, Bayajá en La Yaguana vernietigd door gouverneur Antonio de Osorio. Alle inwoners van deze steden moesten verhuizen naar plaatsen dichter bij de hoofdstad vanwege de illegale handel in deze steden. Deze steden vormden het huidige Monte Plata en Bayaguana.
Het werd in 1865 opgericht als maritiem district (een speciale administratieve categorie die lijkt op een provincie en die is afgeschaft). Het maakte deel uit van de provincie Santiago voordat het tot provincie werd verheven. De Dominicaanse grondwet van 1907 veranderde de status in een provincie met de gemeenten Puerto Plata, Altamira, Blanco en Bajabonico.
In 1959 werd Puerto Plata bevestigd als provincie met de gemeenten Puerto Plata, Altamira, Imbert en Luperón, en het gemeentelijke district Sosúa; de hoofdstad was San Felipe de Puerto Plata.
In 1978 werden Sosúa en Los Hidalgos gemeenten van de provincie. In 1989 werd Villa Isabela een gemeente, in 1992 Guananico en in 2006 Villa Montellano.
La Isabela en Estero Hondo werden gemeentelijke districten in 1998; Belloso, Cabarete en Sabaneta de Yásica in 2002; La Jaiba in 2003; Yásica Arriba in 2005; Maimón, Río Grande en Estrecho de Luperón - Omar Bross in 2006; en Gualete in 2007.