Het Départment du Sud-Est heeft een oppervlakte van 2.023 km². Het departement ligt op het zuidelijke schiereiland, ook wel het schiereiland Tiburon genoemd.
Het grenst in het noorden aan het departement Ouest, in het westen aan het departement Sud en in het zuiden aan de Caribische Zee. In het oosten grenst het aan de Dominicaanse Republiek.
Het Massif de la Selle is de belangrijkste bergketen van het departement en beslaat bijna het hele departement, met uitzondering van enkele kleine valleien bij de kust, zoals de vallei van Jacmel. De hoogste berg van Haïti, de Pic la Selle (2.680 meter), ligt in het Massif de la Selle.
De rivieren zijn kort en monden uit in de Caribische Zee. De belangrijkste rivier is La Grande Rivière de Jacmel. Andere rivieren zijn Bainet, Belle-Anse, des Côtes-de-Fer, Gauche, de la Gosseline, Marigot en Pedernales; Pedernales markeert de grens met de Dominicaanse Republiek en komt in beide landen voor.