Gewoonlijk zijn woorden met slechts één kanji yamato kotoba, zoals katana (kanji: 刀, hiragana: かたな, betekenis: zwaard), sakana (kanji: 魚, hiragana: さかな, betekenis: vis), kami (kanji: 紙, hiragana: かみ, betekenis: papier), yama (kanji: 山, hiragana: やま, betekenis: berg) te (kanji: 手, hiragana: て, betekenis: hand), en oyogu (kanji en hiragana: 泳ぐ, alleen hiragana: およぐ, betekenis: zwemmen). De meeste kanji (de Japanse versie van Chinese karakters) hebben twee verschillende soorten uitspraak, on'yomi (de uitspraak van de kanji die van het Chinees zijn geleend) en kun'yomi (de inheemse uitspraak van Japanse woorden die de kanji gebruiken). Yamato kotoba woorden gebruiken de kun'yomi van de kanji.
Aangezien on'yomi afkomstig zijn van Chinese monosyllaben (woorden met slechts één lettergreep), zijn ze zelf ook slechts één lettergreep, en net als het Chinees kunnen ze een CV- of CVC-structuur hebben. Bijvoorbeeld, de on'yomi voor de volgende kanji 刀, 魚, 紙, 山, 手, en 泳 zijn tō, shi, san, shu, en ei. Echter, kun'yomi kan één of meerdere lettergrepen hebben, en die lettergrepen zijn meestal een CV structuur, zoals de voorbeelden hierboven.
Aangezien het Japans drie verschillende schrijfsystemen door elkaar gebruikt, kan zelfs yamato kotoba op verschillende manieren geschreven worden. Zo kan het woord sushi volledig in hiragana geschreven worden als すし, volledig in katakana als スシ, in kanji als 鮨 of 鮓, of in ateji (kanji die alleen gebruikt wordt om de uitspraak van een woord aan te geven en niet de betekenis) als 寿司 of 壽司.
Kanji geven meestal de grondbetekenis van het woord weer. Hoewel zelfstandige naamwoorden meestal alleen met kanji worden geschreven, kunnen ze ook in kana worden geschreven als het heel gewone woorden zijn, zoals sushi, of als hun kanji niet bekend is, geen deel uitmaakt van de jōyō kanji (een standaardlijst van 1.945 kanji die alle Japanse volwassenen geacht worden te kennen) of te moeilijk is om te onthouden hoe ze moeten worden geschreven, zoals bara, waarvan de kanji 薔薇 is, maar meestal alleen als ばら in hiragana of als バラ in katakana wordt geschreven.
Het Japans heeft ook veel eigen kanji uitgevonden om dingen te benoemen die in Japan te vinden waren, maar niet in China (meestal planten en dieren). Deze worden kokuji (kanji: 国字, hiragana: こくじ) genoemd, wat "nationale karakters" betekent, of wasei-kanji (kanji: 和製漢字, hiragana: わせいかんじ), wat "in Japan gemaakte Chinese karakters" betekent. Kokuji omvatten de namen van vissen zoals iwashi (kanji: 鰯, hiragana: いわし, betekenis: sardine), tara (kanji: 鱈, hiragana: たら, betekenis: kabeljauw), en kisu (kanji: 鱚, hiragana: きす, betekenis: sillago), en bomen zoals 鱚, hiragana: きす, betekenis: sillago): sillago), en bomen zoals kashi (kanji: 樫, hiragana: かし, betekenis: groenblijvende eik), sugi (kanji: 椙, hiragana: すぎ, betekenis: Japanse ceder), en kaba of momiji (kanji: 椛, hiragana: かば/もみじ, betekenis: berk/esdoorn). De meeste kokuji hebben alleen kun'yomi omdat ze yamato kotoba zijn, maar sommige kanji hebben ook on'yomi, zoals 働 (on'yomi: dō どう, kun'yomi: hatara(ku) はたら(く), betekenis: werk), en sommige hebben alleen on'yomi, zoals 腺 (on'yomi: sen せん, betekenis: klier).
