Clostridium difficile is een bacteriesoort. Hij wordt vaak C. diff (uitgesproken als "zie diff") genoemd. Het is een Gram-positieve bacterie die behoort tot het geslacht Clostridium.

C. diff kan in de menselijke dikke darm (colon) leven zonder problemen te veroorzaken. Ongeveer 2-5% van de volwassenen heeft C. diff in de dikke darm. Bij sommige mensen veroorzaakt C. diff echter ernstige ziekte. Bij deze mensen groeien de C. diff-bacteriën in de dikke darm uit de hand. De bacterie tast de bekleding van de darmen aan. Dit veroorzaakt een probleem dat C. diff colitis wordt genoemd. Colitis is een ontsteking (zwelling) van de dikke darm.

C. diff-infectie komt steeds vaker voor in ziekenhuizen, verpleeghuizen en andere gezondheidszorginstellingen. Het doodt ongeveer 14.000 mensen per jaar alleen al in de Verenigde Staten.