Ecologische genetica is de studie van genetica en evolutie in natuurlijke populaties.

Dit staat in contrast met de klassieke genetica, die vooral werkt met kruisingen tussen laboratoriumstammen, en de DNA-sequentieanalyse, die genen op moleculair niveau bestudeert.

Het onderzoek in de ecologische genetica heeft betrekking op kenmerken die verband houden met fitness, die van invloed zijn op de overleving en voortplanting van een organisme. Voorbeelden hiervan zijn: bloeitijd, droogtetolerantie, polymorfisme, mimicry, verdediging tegen predatoren.

Onderzoek omvat gewoonlijk een combinatie van veld- en laboratoriumstudies. Monsters van natuurlijke populaties kunnen naar het laboratorium worden teruggebracht voor analyse van de genetische variatie. Veranderingen in de populaties op verschillende tijdstippen en plaatsen zullen worden genoteerd en het sterftepatroon in deze populaties zal worden bestudeerd. Onderzoek wordt vaak verricht op insecten en andere organismen met een korte generatietijd.