De praktijk van hanami is vele eeuwen oud. Het begon tijdens de Nara Periode (710-784) toen de Chinese Tang Dynastie Japan op vele manieren beïnvloedde; één daarvan was de gewoonte om van bloemen te genieten. Hoewel het in het begin ume-bloesems waren die de mensen bewonderden, begon tegen de Heian-periode (794-1185) de sakura meer aandacht te trekken. De sakura's werden door de Japanners als heilig beschouwd, en ze waren zo belangrijk dat ze nog steeds een cultureel symbool van Japan zijn. De mensen geloofden in het bestaan van goden in de bomen, en het hanami-feest werd in het begin gebruikt om de oogst van dat jaar te voorspellen en om het seizoen van het planten van rijst aan te kondigen. Degenen die naar de hanami gingen, brachten offers aan de wortels van de sakurabomen, en na de ceremonie namen zij deel aan het offer onder het genot van sake.
Keizer Saga van de Heian-periode nam deze gewoonte over, en vierde feesten om de bloemen te bekijken met sake en feesten onder de bloeiende takken van de sakurabomen aan het keizerlijk hof in Kyoto. Dit zou de oorsprong zijn van hanami in Japan. Er werden gedichten geschreven waarin de tere bloemen werden geprezen, die werden gezien als een metafoor voor het leven zelf; mooi, maar van zeer korte duur. Deze 'tijdelijke' kijk op het leven is erg populair in de Japanse cultuur en wordt meestal beschouwd als een bewonderenswaardige vorm van bestaan; bijvoorbeeld in het principe van de samoerai dat het leven eindigt als het nog mooi en sterk is, in plaats van langzaam oud en zwak te worden. De dichters uit het Heian-tijdperk schreven gedichten over hoe veel gemakkelijker het in de lente zou zijn zonder de sakurabloesems, omdat hun bestaan ons eraan herinnerde dat het leven maar heel kort is:
| 
| Als er geen kersenbloesems in deze wereld waren
Hoeveel meer rust zouden onze harten hebben in de lente. | 
|
| Ariwara no Narihira (825-880) |
Hanami werd voor het eerst gebruikt als een term die "kersenbloesem bekijken" betekende in de Heian-tijd roman Tale of Genji (hoofdstuk 8, 花宴 Hana no En, "Onder de Kersenbloesems"). Vanaf dat moment werd in tanka en in haiku poëzie met "bloemen" "sakura" bedoeld, en de termen "hanami" en "bloemenfeest" werden alleen gebruikt om het bekijken van sakurabloesem aan te duiden. In het begin werd het gebruik alleen gevolgd door het keizerlijk hof, maar de samurai-adel begon het ook te vieren tijdens de Azuchi-Momoyama Periode (1568-1600). In die jaren gaf Toyotomi Hideyoshi grote hanami-feesten in Yoshino en Daigo, en het feest werd zeer populair in de gehele Japanse samenleving. Kort daarna begonnen boeren hun eigen gewoonte op te zetten om in de lente bergen in de buurt te beklimmen en te lunchen onder de bloeiende kersenbomen. Deze gewoonte, die toen de "lentetocht in de bergen" werd genoemd, verenigde zich met die van de edelen om de stedelijke cultuur van hanami te vormen. Tegen de Edo-periode (1600-1867) nam het hele gewone volk deel aan de vieringen, deels omdat Tokugawa Yoshimune gebieden met kersenbloesembomen plantte om dit aan te moedigen. Onder de sakurabomen lunchten de mensen en dronken sake tijdens vrolijke feesten.
