Een groot deel van de bevolking van de Onafhankelijke Staat Kroatië was niet Kroatisch, voornamelijk door de opname van Bosnië. Er waren aanzienlijke bevolkingsgroepen Serviërs (ongeveer 19% van de toenmalige Kroatische bevolking, meer dan 30% van de bevolking van NDH), Bosnische moslims (de grootste bevolkingsgroep van Bosnië op dat moment, en meer dan 10% van de bevolking van NDH), Duitsers, Hongaren en anderen. De katholieken (voornamelijk Kroaten, Duitsers en Magyaren) vormden iets meer dan 50% van de 6,3 miljoen inwoners. Mile Budak, politicus en minister van de NDH - tevens een Kroatische schrijver - maakte onmiddellijk van de gelegenheid gebruik om de Moslims tot "Broeders" uit te roepen en wilde hen dwingen zich tot het Christendom te bekeren. Veel Kroaten zijn het eens met het idee dat de meerderheid van de Bosnische Moslims eigenlijk Kroaten zijn die tijdens de invasie van de Turken in de 15e eeuw tot de Islam werden bekeerd.
Veel Bosnische Moslims werden door de NDH aanvaard (in veel gevallen werden zij daartoe gedwongen op straffe van bekering tot het christendom of executie) en raakten onmiddellijk betrokken. De meest beruchte van de islamitische Ustase-divisies was de 13de Waffen Mountain Division van de SS Handschar. Als eerbetoon aan de moslim gelovige soldaten werd in Zagreb - de hoofdstad van Kroatië - een moskee gebouwd die bekend stond als "Poglavnikova dzamija" of Poglavnik's Moskee. Ondanks Pavelić's beloften van gelijkheid met de Kroaten, werden veel moslims al snel ontevreden met het Kroatische bewind. Een moslimleider meldde dat niet één moslim een invloedrijke post in het bestuur bekleedde. Op het grondgebied van NDH braken hevige gevechten uit tussen de Ustaše, de Chetniks en de Joegoslavische partizanen. Sommige Ustaše milities raakten ervan overtuigd dat de Moslims communistische sympathisanten waren, en staken hun dorpen in brand en vermoordden vele burgers.
De Ustase vaardigde vrijwel onmiddellijk rassenwetten uit die de aanvaarding van de ideologie van Nazi-Duitsland en Fascistisch Italië weerspiegelden, waarbij de nadruk werd gelegd op Kroatische nationale aangelegenheden.
De eerste "Rechtsorde voor de verdediging van het volk en de staat" van 17 april 1941 bepaalde de doodstraf voor "schending van de eer en de vitale belangen van het Kroatische volk en het voortbestaan van de Onafhankelijke Staat Kroatië". Dit werd spoedig gevolgd door de "Rechtsorde van de rassen" en de "Rechtsorde van de bescherming van Arisch bloed en de eer van het Kroatische volk" van 30 april 1941, alsmede het "Bevel tot oprichting en bepaling van het comité voor rassenpolitiek" van 4 juni 1941. De handhaving van deze wetten gebeurde niet alleen door gewone rechtbanken, maar ook door nieuwe rechtbanken buiten de orde en door mobiele krijgsraden met uitgebreide jurisdicties.
De normale gevangenissen konden het aantal nieuwe gevangenen niet langer aan en de regering van de Ustaša begon met de voorbereidingen voor het terrein dat in juli 1941 het concentratiekamp Jasenovac zou worden. Het regime zou uiteindelijk op elf verschillende plaatsen concentratiekampen oprichten.
De Ustaše begonnen met een doelbewuste campagne van massamoord, deportatie en gedwongen religieuze bekering in een poging om de Serviërs te verwijderen. De Joden en zigeuners werden blootgesteld aan totale vernietiging, d.w.z. aan de campagne van massamoord en, in mindere mate, aan deportatie.
Het Jasenovac concentratiekamp zou de plaats worden waar tot honderdduizend mensen werden vermoord (sommigen schatten dat dit kamp het op twee na grootste kamp van WO II was). Het totale aantal doden in de Ustase wordt geschat op ongeveer 600.000 mensen, maar alle geschreven documenten werden vernietigd om dit in de doofpot te stoppen.
De staat van permanente terreur, massamoord, verkrachting van vrouwen en plundering van eigendommen van hun slachtoffers in de Onafhankelijke Staat Kroatië dwong in de eerste plaats de Serviërs in opstand te komen. Volgens de rapporten van Glaise von Horstenau was Hitler boos op Pavelić wiens beleid de opstand in Kroatië aanwakkerde - waardoor Hitler de mogelijkheid verloor om de strijdkrachten van de Onafhankelijke Staat Kroatië aan het Oostfront in te zetten. Bovendien werd Hitler gedwongen om zijn strijdkrachten in te zetten om de opstand de kop in te drukken. Om die reden ontbood Hitler Pavelić op 23 september 1942 naar zijn oorlogshoofdkwartier in Vinica (Oekraïne). Daar verving Pavelić zijn minister van de Strijdkrachten, Slavko Kvaternik, door de minder ijverige Jure Francetić. Voor zijn ontmoeting met Hitler, om het publiek te sussen, publiceerde Pavelić de "Belangrijke Aankondiging van de Regering" ("Važna obavijest Vlade") waarin hij diegenen bedreigde die het nieuws verspreidden "over niet bestaande dreigingen van ontwapening van de Ustashe eenheden door vertegenwoordigers van een buitenlandse mogendheid, over de vervanging van het Kroatische Leger door een buitenlands leger, over de mogelijkheid dat een buitenlandse mogendheid de macht in Kroatië zou grijpen ..." (Hrvatski narod, 3 september 1942.)
Hans Helm, het aangewezen hoofd van de Gestapo voor de Onafhankelijke Staat Kroatië, schreef in zijn vertrouwelijk rapport - (onder de titel "Basis van het partizanengevaar" - gericht aan Generaal Kasche) van 14 januari 1943: "De meeste partizanen zijn afkomstig van de Serviërs - vanwege het feit dat zij de meest misdadige manier zijn om te worden vervolgd .... het nieuwe regime in Kroatië is begonnen met de programma's van vernietiging en vernietiging van de Serviërs, die (de programma's) openlijk worden gesteund door de hoogste rangen van de Kroatische regering, en (de programma's) zijn aangenomen als het belangrijkste regeringsdoel. Het feit dat er van officiële Ustashe zijde anders werd gesproken - onder druk van de opstand en als gevolg van de loop der gebeurtenissen - er werd zelfs gesproken over een verzoening - laat geen mogelijkheid om de schade te compenseren die is veroorzaakt door bijvoorbeeld Dr. Mile Budak, de huidige (Kroatische) minister in Berlijn ..." Benoemd generaal Horstenau schreef in zijn rapport: "De Ustashe-beweging is, door de fouten en gruweldaden die zij heeft begaan, en de corruptie, zo gecompromitteerd dat de uitvoerende tak van de regering (de ordehandhavers en de politie) van de regering moet worden gescheiden - zelfs voor de prijs van het verbreken van elke mogelijke band met de regering ..."
