Locke's vader, die ook John Locke heette, was een plattelandsadvocaat. Hij had als kapitein gediend in het begin van de
Engelse Burgeroorlog. Zijn moeder, Agnes Keene, was een leerlooiersdochter en werd als zeer mooi beschouwd. Zowel vader als moeder waren
Puriteinen. Locke werd
geboren op 29 augustus 1632, in een huisje bij de kerk in Wrington,
Somerset, ongeveer twaalf mijl van
Bristol. Hij werd
gedoopt toen hij geboren werd. Daarna verhuisde zijn familie al snel naar Pensford.
In 1647 werd Locke naar de Westminster School in Londen gestuurd. In die tijd werd hij gesponsord door Alexander Popham, een lid van het Parlement. Nadat hij zijn studie daar had voltooid, ging hij naar de Christ Church. Hoewel Locke een goede student was, hield hij niet van het tijdschema dat hij daar doorbracht. Hij hield niet van de klassieke vakken die aan de universiteit werden onderwezen, en wilde meer leren over moderne filosofie. Via zijn vriend Richard Lower, die hij op de school had leren kennen, leerde Locke over geneeskunde.
Locke behaalde een bachelorgraad in 1656 en een mastergraad in 1658. In 1666 ontmoette hij Lord Anthony Ashley Cooper, die naar Oxford was gekomen voor behandeling van zijn leverziekte. Cooper was onder de indruk van Locke en vroeg hem te komen.
Locke was op zoek naar een baan en nam in 1667 zijn intrek in Shaftesbury's huis in Exeter House in Londen, om als lijfarts van Lord Ashley te dienen. In Londen zette Locke zijn studie medicijnen voort.
Locke's medische kennis werd op de proef gesteld toen Shaftesbury's leverziekte verergerde tot Shaftesbury op het punt stond te sterven. Locke gebruikte het advies van verschillende artsen en haalde Shaftesbury over tot een operatie. Shaftesbury overleefde de operatie en bedankte Locke voor het redden van zijn leven.
Shaftesbury was, als lid van de Whig beweging, van grote invloed op Locke's politieke ideeën. Nadat Shaftesbury echter in 1675 uit de gratie begon te raken, besloot Locke een reis door Frankrijk te maken. In 1679 keerde hij terug naar Engeland. In deze tijd, als gevolg van Shaftesbury's aandringen, schreef Locke de Twee Verhandelingen van Regering. Hoewel ooit werd gedacht dat Locke de Verhandelingen schreef om de Glorieuze Revolutie van 1688 te verdedigen, heeft recente wetenschap aangetoond dat het werk al was geschreven voordat deze Revolutie zelfs maar was begonnen.
Locke vluchtte echter in 1683 naar Nederland. Dit omdat men hem ervan verdacht betrokken te zijn bij het Rye House Plot om koning Charles II van Engeland te vermoorden. In Nederland had Locke de tijd om zich weer met zijn werk bezig te houden en besteedde hij veel tijd aan het herschrijven van de Essay. Locke keerde pas na de Glorious Revolution naar huis terug. Locke kwam in 1688 met de vrouw van Willem van Oranje terug naar Engeland.
Locke's goede vriendin Lady Masham nodigde hem uit om bij haar in het landhuis van de Mashams in Essex te komen wonen. Hoewel zijn tijd daar werd gekenmerkt door een wisselende gezondheid als gevolg van astma-aanvallen, werd hij niettemin een intellectuele held van de Whigs. In deze periode besprak hij zaken met figuren als John Dryden en Isaac Newton.
Hij overleed op 28 oktober 1704 en is begraven op het kerkhof van het dorp High Laver, ten oosten van Harlow in Essex, waar hij sinds 1691 in het huishouden van Sir Francis Masham had gewoond. Locke is nooit getrouwd en had geen kinderen.
Gebeurtenissen tijdens Locke's leven zijn onder meer de Engelse Restauratie, de Grote Pest van Londen en de Grote Brandvan Londen. Hij heeft de Acts of Union van 1707 niet helemaal meegemaakt, hoewel de tronen van Engeland en Schotland tijdens zijn leven in een personele unie werden gehouden. De constitutionele monarchie en de parlementaire democratie stonden in Locke's tijd nog in de kinderschoenen.
