Een kolonie in de biologie verwijst naar een levenswijze of gewoonte waarbij leden van dezelfde soort samenleven.
Gewoonlijk zijn de leden van een kolonie genetisch met elkaar verbonden door gemeenschappelijke erfelijkheid. Soms, zoals bij bryozoën, zijn het genetisch identieke klonen, soms, zoals bij eusocialen, zijn het leden van een uitgebreide familie. Soms, zoals bij de Portugese Man o' War, zijn de leden van de kolonie samengevoegd tot één individu, dat als één eenheid functioneert.
De meeste kolonies in de hieronder genoemde groepen bouwen een gemeenschappelijk bouwwerk of nest. Soms zijn zij alleen door hun gedrag met elkaar verbonden. De nauwe integratie van termieten, mieren, bijen en wespen wordt eusociaal genoemd.
De term is vooral van toepassing op dieren, hoewel er ook enkele protisten en prokaryoten zijn die in kolonies leven.
