Zeer sociale prairiehonden leven in grote kolonies - verzamelingen van prairiehondenfamilies die honderden hectaren kunnen bestrijken. Families bestaan meestal uit een mannetje en twee tot vier vrouwtjes die in een strikte sociale hiërarchie leven. De pups van prairiehonden zijn geslachtsrijp als ze ongeveer 3 jaar oud zijn, en na hun derde winter zal het dominante mannetje in een bepaalde familie hen verjagen, en hen dwingen hun eigen families te stichten aan de randen van de kolonie. Het dominante mannetje verdedigt de grenzen van de familie tegen rivaliserende prairiehonden, en geschillen worden beslecht door te vechten. Prairiehonden zijn ook agressief tegen roofdieren zoals dassen en slangen.
Prairiehonden zijn sociale dieren, en leggen vaak sociale bezoeken af met elkaar, en begroeten elkaar met een soort kus. Prairiehonden gebruiken een complexe vorm van communicatie die blaffen en ritmisch tjirpen omvat.
Prairiehondentunnelsystemen hebben gewoonlijk meerdere kamers. De tunnels kunnen tot 5 meter diep gaan, en kunnen zich zijdelings tot 30 meter uitstrekken. Prairiehonden bekleden hun holen met gras om ze te isoleren, en de uit het hol uitgegraven aarde wordt opgestapeld in hopen rond de ingang van het hol. De prairiehonden gebruiken deze zorgvuldig onderhouden hopen als observatieposten.
De prairiehond is goed aangepast aan roofdieren. Hij kan roofdieren op grote afstand waarnemen en andere prairiehonden op het gevaar attenderen met een speciale, hoge roep. Prairiehonden gebruiken verschillende roepen om specifieke roofdieren te identificeren. Prairiehonden snoeien ook de vegetatie rond hun kolonies, misschien om eventuele dekking voor roofdieren te verwijderen. Hun holen bevatten meestal verschillende ontsnappingsroutes.
De prairiehond is hoofdzakelijk een herbivoor, hoewel hij ook insecten eet. Hij voedt zich voornamelijk met grassen en, in de herfst, met breedbladige planten. Prairiehonden krijgen 1-6 jongen (baby's) per jaar, die blind en zonder vacht geboren worden en ongeveer 30 dagen verzorging van hun moeder nodig hebben.
Soms raken twee prairiehonden elkaars tanden aan. Onderzoekers denken dat ze dit doen als een manier om elkaar te herkennen.
