De voedingsgewoonten van Quetzalcoatlus (die een lange snavel zonder tanden had) zijn onbekend. Over deze vraag, en de vlucht ervan, wordt nog steeds gediscussieerd. Het ontbreken van een meer gedetailleerd skelet is het grootste probleem bij het trekken van conclusies. Twee theorieën zijn voorgesteld.
Eén idee is dat hij vis at, door met zijn kaak in het water te vliegen, en vis op te happen als hij ze raakte. Texas werd in die tijd grotendeels bedekt door de Westelijke Binnenzee. "Van deze voorgestelde levensstijlen lijkt visetend tijdens de vlucht de meeste aanvaarding te hebben verworven, waarbij scheren een vaak gesuggereerde foerageermethode is.
De andere theorie is dat hij zich op het land voedde, deels als aaseter, zoals gieren en buizerds, en foerageerde op kleine dieren. Deze opvatting wint terrein, omdat de kaak niet de aanpassingen vertoont voor het afschuimen die bij moderne vogels, die op deze manier vis vangen, worden aangetroffen.
In de vlucht was het zeker een vlieger, vliegend op luchtstromen in een warme omgeving, en zijn overblijfselen komen van een vindplaats die ver landinwaarts lag in het Krijt.