De San Joaquin River is een van de twee grote rivieren van Californië, in de Verenigde Staten. Met een lengte van 530 km is het de op één na langste rivier van Californië, na de Sacramento-rivier. Hij begint in het westen van de Sierra Nevada en stroomt westelijk en noordelijk naar het einde bij de baai van San Francisco, bij de Sacramento-San Joaquin-delta. Het bekken, dat ongeveer 32.000 vierkante mijl (82.879 vierkante kilometer) groot is, bevat voornamelijk landbouwgrond. De rivier levert drinkwater aan meer dan 22 miljoen Californische burgers. De drie grootste zijrivieren zijn de Merced, Tuolumne en Stanislaus.

De rivier was ooit een van de rijkste rivierecosystemen in Californië. Nu is de rivier echter meer dan 60 mijl (97 km) droog, behalve tijdens overstromingen, omdat er veel water is weggehaald voor irrigatie. Onder de Friant Dam, een dam die in de jaren veertig van de vorige eeuw is gebouwd op de San Joaquin rivier, staat 95 procent van de rivier droog. Een groot deel van de rivier is vervuild, waardoor de historische populatie chinookzalmen, ooit de meest zuidelijke van de Verenigde Staten, is vernietigd. Pesticiden, selenium en nog veel meer giftige stoffen worden door de San Joaquin naar de baai van San Francisco getransporteerd.

Nu is een van de grootste projecten in het Amerikaanse Westen begonnen met het herstel van de San Joaquin rivier. Op 13 september 2006 heeft de Natural Resources Defense Council een overeenkomst ondertekend met de gebruikers van de Friant Dam en het Amerikaanse Ministerie van Binnenlandse Zaken. Deze overeenkomst zou de San Joaquin River onder de dam herstellen, waardoor de vervuiling wordt verminderd.