Particuliere publicatie
Potter's manuscriptenboek had de titel The Tale of Peter Rabbit en Mr. McGregor's Garden. Het manuscript werd door zes uitgevers geweigerd. Zelfs Frederick Warne & Co. weigerde het af te drukken, ook al had het enkele jaren geleden interesse getoond in haar werk. Sommige uitgevers wilden een korter verhaal. Anderen wilden een langer verhaal. Bijna alle uitgevers wilden dat de foto's werden ingekleurd. Potter raakte gefrustreerd omdat haar boek nog steeds geweigerd werd. Ze had al gepland hoe haar boek eruit moest komen te zien. Ze wilde dat de stijl en het formaat van haar boek zou lijken op Little Black Sambo. Ze had ook al bedacht hoeveel het moest kosten.
Eindelijk heeft ze besloten om het boek zelf uit te geven. Op 16 december 1901 werden de eerste 460 exemplaren van haar privé gedrukte The Tale of Peter Rabbit aan haar familie en vrienden uitgereikt.
Eerste commerciële editie
In 1901 veranderde een vriend van Potter's familie, Canon Hardwicke Rawnsley, het verhaal van Potter in een gedicht en probeerde hij zijn versie, samen met haar illustraties en enkele van haar gecorrigeerde teksten, aan Frederick Warne & Co. te geven. Het bedrijf weigerde Rawnsley's versie, maar ze wilden Potter's volledige manuscript zien. Ze hoopten dat The Tale of Peter Rabbit net zo succesvol zou zijn als Helen Bannerman's zeer populaire Little Black Sambo en andere kinderboeken die op dat moment werden verkocht. Op de vraag van Warne waarom er geen kleuren in de illustraties zaten, antwoordde Potter echter dat konijnbruine en groene kleuren niet interessant waren. Warne zei dat hij het boek niet zou publiceren, maar hij zei dat hij andere boeken die ze later schreef misschien wel zou publiceren.
Warne wilde kleurenillustraties in The Tale of Peter Rabbit, dat hij het 'konijnenboek' noemde. Hij stelde ook voor om slechts 32 illustraties te gebruiken in plaats van de eerste 42 illustraties. Aanvankelijk wilde Potter haar illustraties niet inkleuren, maar ze kwam tot het besef dat het niet inkleuren van haar illustraties een slecht idee zou zijn. Ze stuurde Warne een aantal nieuwe kleurenillustraties met een kopie van haar eigen gedrukte uitgave. Warne gaf deze twee vervolgens aan de beroemde prentenboekkunstenaar, L. Leslie Brooke, om te zien wat hij van de foto's vond. Brooke was blij met het werk van Potter. Tegelijkertijd werden kleine prentenboeken erg populair.
Potter ging door met het tonen van privé-gedrukte exemplaren aan haar familie en vrienden. Al snel was de eerste privé-druk van 250 exemplaren uitverkocht en moesten er nog eens 200 worden voorbereid. Ze noteerde in één exemplaar dat haar konijn Peter op 26 januari 1901 was overleden. Hij was negen jaar oud geweest.
Potter en Warne zijn overeengekomen om goedkope 5.000 exemplaren te publiceren. Het jaar daarop werd in juni 1902 een officieel contract getekend. Potter werkte hard aan de publicatie van het verhaal - ze tekende haar foto's opnieuw wanneer dat nodig was, bracht kleine wijzigingen aan in het handschrift en corrigeerde de interpunctie. Nog voordat het begin oktober 1902 werd gepubliceerd, werden de eerste 8.000 exemplaren verkocht. Aan het eind van het jaar waren er 28.000 exemplaren in druk. Halverwege 1903 was er een vijfde druk, en in dezelfde maand was er een zesde druk. Een jaar na de eerste commerciële publicatie werden er 56.470 exemplaren gedrukt.
Amerikaans auteursrecht
Warne's kantoor in New York heeft het auteursrecht voor The Tale of Peter Rabbit in de Verenigde Staten niet geregistreerd. Hierdoor begonnen in het voorjaar van 1903 niet-gelicentieerde exemplaren van het boek te verschijnen. Niets kon het drukken van niet-gelicentieerde exemplaren tegenhouden.
Hierdoor verloor Potter veel geld. Ze begon zich volledig te realiseren dat het nodig was om haar boeken goed te licentiëren toen, nadat ze met succes The Tale of Squirrel Nutkin had gepubliceerd, haar vader een speelgoed eekhoorn genaamd Nutkin vond in de Burlington Arcade in Kerstmis 1903.