Christoffel Columbus zag dit eiland op 6 december 1492 en bezocht het op 14 december. Hij noemde het eiland La Tortuga, Spaans voor "De Schildpad", omdat het, vanuit zee gezien, de vorm van een schildpad heeft.
De Spanjaarden waren niet geïnteresseerd in het eiland Tortuga omdat zij probeerden een kolonie te stichten op het grote eiland Hispaniola. En zo was dit eiland voor het grootste deel van de 16e eeuw zonder mensen.
Mensen uit verschillende Europese landen, vooral uit Engeland, kwamen op dit eiland wonen. In 1625 kwamen Fransen van het eiland Saint Kitts naar dit eiland. Zij woonden op het zuidelijke deel van het eiland waar vlakke grond is en probeerden er gewassen zoals tabak te verbouwen. Zij trokken ook naar Hispaniola, dat zij la Grande Terre ("het Grote Land") noemden, om op wilde koeien en varkens te jagen en omdat zij een Taíno kooktechniek met rook gebruikten, bekend als "boucan", stonden zij bekend als boucaniers ("boekaniers"). Zij verkochten het gerookte vlees en het leer (droge huid gebruikt om schoeisel en kleding te maken) aan de schepen die naar het eiland kwamen.
De Spanjaarden probeerden deze mensen van het eiland te krijgen en zij vielen het eiland verschillende keren binnen, maar telkens keerden zij terug naar Hispaniola en werd het eiland Tortuga weer ingenomen. In 1640 werd een Franse ingenieur genaamd Jean La Vasseur gestuurd om Tortuga te besturen. Hij bouwde Fort de Rocher [1640]. La Vasseur opende de haven voor vogelvrij verklaarden van alle naties.
Vanaf het eiland Tortuga trokken de mensen naar het noordelijke deel van Hispaniola, vooral in de gebieden rond de grote vlakten, waar steden als Port-de-Paix (1665), Cap-Français (1670) en Fort-Dauphin (1731) werden gesticht. Daarna verloor het eiland Tortuga zijn belang en na die jaren hebben hier nog maar weinig mensen gewoond, ook nu nog niet.